Drugi dio: Uobičajene varijante rizika u NPHS1 i TNFSF15 povezane su s nefrotskim sindromom osjetljivim na steroide u djetinjstvu
Mar 17, 2022
Kontakt: Audrey Hu Whatsapp/hp: 0086 13880143964 E-pošta:audrey.hu@wecistanche.com
Varijanca objašnjena svim autosomnim varijantama u trenutnoj studiji
Opažena nasljednost SSNS-a u djetinjstvu objašnjena varijantama na razini genoma procijenjena je na 41,1 posto (14.0 posto). Nasljednost na ljestvici odgovornosti bila je 14,8 posto (5.0 posto), uz pretpostavku da je populacijska prevalencija 0.016 posto. Uzimajući u obzir snažnu povezanost HLA regije, promatrana nasljednost procijenjena je na 31,6 posto (13,6 posto), a postala je 11,4 posto (4,9 posto) nakon transformacije kada su varijante na kromosomu 6 isključene. Uobičajene varijante (MAF > 5 posto) objašnjavaju 88 posto –90 posto nasljednosti bolesti (dodatna tablica S21; dopunska slika S10).
Cistanche može pomoći kod nefrotskog sindroma
RASPRAVA
Sadašnji japanski GWAS s najvećom veličinom uzorka do sada i replikacijom u više kontinentalnih populacija identificirao je uobičajene varijante u regijama NPHS1 i TNFSF15 kao nove čimbenike osjetljivosti za SSNS u djetinjstvu. Post-GWAS analiza lokusa kromosoma 19 identificirala je potencijalni transkripcijski mehanizam kojim NPHS1 rizični haplotip može doprinijeti bolesti. Konačno, veća veličina uzorka omogućila je dodatno fino mapiranje prethodno uključenih HLA lokusa.16 Sveukupno, ova otkrića značajno proširuju i poboljšavaju naše razumijevanje genetske pozadine SSNS-a u djetinjstvu. Identificirali su nefrin, proinflamatorni citokin faktor tumorske nekroze član superobitelji 15 (TNFSF15), i njihove povezane molekule kao nove mete za biološka istraživanja za bolje razumijevanje SSNS-a i potencijalno za terapeutski razvoj. Naposljetku, povezanost s uobičajenim varijantama u lokusu NPHS1 daje još jedan primjer koji pokazuje da geni Mendelove bubrežne bolesti mogu sadržavati varijante osjetljivosti na češću multifaktorijalnu bolest (SSNS).
Rijetke mutacije u NPHS1 uzrokuju kongenitalnenefrotski sindromfinskog tipa, rijedak monogennefrotski sindrom that is steroid-resistant and has a poor renal prognosis.26 Surprisingly, the present study revealed that variants in NPHS1 are associated with susceptibility to SSNs. Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the sig- nificant SNPs in the NPHS1 locus was the synonymous variant rs2285450 (c.294 C>T) u egzonu 3. Prethodno, Sun et al. izvijestio je o višoj učestalosti sporednog alela rs2285450 u kineskim sporadičnimnefrotski sindrompacijenata iz Singapura nego u kontrolama (20 posto naspram 13 posto, P=0,025) i pokazalo je da je alel rizika rezultirao smanjenom sposobnošću inhibicije TRPC6 struja u HEK293-M1 stanicama putem flastera Stezaljka,što bi moglo objasniti osjetljivost na proteinuriju.27,28 Ova studija pruža neovisnu potporu za rs2285450 kao faktor rizika za SSNS i predlaže alternativni mehanizam za osjetljivost nanefrotski sindromzahtijeva daljnje ispitivanje.
Korištenjem uparenih ljudskih genetskih i glomerularnih transkriptomskih podataka, nismo uočili razlike u ukupnoj ekspresiji NPHS1 kao funkciji ovog rizičnog haplotipa. Međutim, podaci RNA-seq omogućili su opažanje značajne ASE koja je rezultirala nižom ekspresijom NPHS1 iz haplotipa koji sadrži rizične alele (dodatna slika S11). Brojne varijante rizika na ovom lokusu bile su sinonim za egzoničke promjene u NPHS1. Stoga smo se više usredotočili na NPHS1 i nismo nastavili s raspravom o ulozi KIRREL2 u potencijalnim mehanizmima bolesti. Budući rad trebao bi uključivati: (i) potvrđivanje ovog opažanja kod dodatnih pacijenata s podacima o genotipizaciji i ekspresiji bubrega; i (ii) stjecanje mehaničkog razumijevanja kako ovaj ASE NPHS1 pridonosi ili uzrokuje povezanost sa SSN-ovima koje smo promatrali. Potencijalne hipoteze za disfunkciju uključuju: (i) povećano opterećenje stanice za proizvodnju potrebne količine nefrina iz referentnog kromosoma, što dovodi do staničnog stresa i povećane osjetljivosti na ozljede; i (ii) potencijalno disfunkcionalni protein nefrin proizveden iz rizičnog haplotipa (npr. putem diferencijalnih posttranslacijskih modifikacija) što rezultira abnormalnom barijerom glomerularne filtracije.
Genetski polimorfizmi na lokusu 9q32 povezani su s nekoliko autoimunih i upalnih bolesti.23,29-31 Najvjerojatniji gen koji uzrokuje bolest unutar 9q32 je TNFSF15, koji kodira TNFSF15. U ovoj studiji, značajna povezanost rs4979462 replicirana je neovisno i dodatno ojačana transetničkom meta-analizom. Prethodno su Hitomi et al.32 identificirali rs4979462 kao funkcionalnu varijantu in vitro funkcionalnom analizom pomoću testa luciferaze i testa pomaka elektroforetske mobilnosti. Analiza super-pomaka razjasnila je da je rizični alel (T) rs4979462 stvorio novo mjesto vezivanja NF-1.32 Osim toga, nekoliko je izvješća pokazalo da rizični alel rs4979432 utječe na razinu ekspresije TNFSF15 mRNA.30, 32 Potrebne su daljnje studije kako bi se potvrdila povezanost TNFSF15 sa SSNS-om u djece.
U ovoj studiji, varijante u NPHS1 i TNFSF15 lokusima su identificirane i replicirane uglavnom u istočnoazijskim (japanskim i korejskim) i južnoazijskim populacijama, u kojima je zabilježena veća učestalost bolesti. Nasuprot tome, učestalosti rizičnih alela SNP-ova kandidata u NPHS1 bile su rijetke u ljudi europskog podrijetla (Tablica 1). Ovi nalazi mogu djelomično objasniti epidemiološku razliku među populacijama iz perspektive polimorfizama povezanih s bolešću. Ova razlika dodatno je ilustrirana nedostatkom značajnih signala u našem japanskom skupu podataka u regijama CALHM6/FAM26F i PARM1, koji su otkriveni u homogenoj kohorti europskog podrijetla.15,17
S dominantnim doprinosom gena HLA-DR/DQ, skupovi gena glavnog proteinskog kompleksa histokompatibilnosti klase II i aktivnosti receptora glavnog kompleksa histokompatibilnosti klase II bili su snažno povezani s bolešću. Urođeni imunološki odgovor također je identificiran kao značajan skup gena s umjerenim učinkom. Urođeni imunološki sustav uključujući aktivaciju profesionalnih stanica (stanice koje predstavljaju antigen i B stanice/Toll-like receptore), kao i adaptivni imunološki sustav, u kojem HLA molekule igraju ključnu ulogu, uključen je u proces bolesti i odgovor. na liječenje.33,34
Oko 90 posto nasljednosti SSNS-a u djetinjstvu doprinijele su uobičajene varijante, iako su varijante s relativno rijetkim učestalostima alela (MAF: 0,5 posto –5 posto) također uzete u obzir. Međutim, veliki dio naslijeđa bolesti ostaje neobjašnjen. Druge varijante povezane s bolešću u regijama koje nisu HLA mogle bi se identificirati budućim studijama na razini genoma s većim veličinama uzorka, posebno za pacijente europskog i drugog neistočnoazijskog podrijetla, jer su polimorfizmi povezani s bolešću u regijama koje nisu HLA još uvijek u velikoj mjeri nepoznato.
U ovoj studiji, veličine uzorka u kohortama replikacije s različitim precima ograničile su moć replikacije signala s manjim veličinama učinka. Stratifikacija populacije može postojati u fazi replikacije zbog nedostatka prilagodbe. Štoviše, učinci serije mogli su se pojaviti između slučajeva i kontrola kada su učestalosti alela iz javnih baza podataka korištene kao kontrole koje se podudaraju s populacijom.
Ukratko, otkrića ovdje pružaju nove SSNS lokuse. NPHS1 lokus, posebno, pruža provokativan novi koncept za patogenezu bolesti, povezujući i jačajući paradigmu u nastajanju u nefrologiji - u određenim genima koji sadrže Mendelove varijante, češći aleli mogu povećati osjetljivost na multifaktorijalne, poligene bolesti, kao što je prethodno pokazano za UMOD, COL4A3 i NPHS2.26, 35-41 Konačno, trenutačni nalazi ponovno naglašavaju važnost provođenja genomskih istraživanja u različitim populacijama. Čineći to, otkrili smo specifične SNP-ove koji će vjerojatno imati veći utjecaj na populacije istočne i južne Azije, dok smo identificirali gene i lokuse koji mogu biti važni u svim populacijama, za koje bismo bili statistički slijepi ako bismo koristili europsku kohortu otkrića.
METODE
Za dodatne pojedinosti pogledajte Dopunske metode.
Uzorci: U fazi otkrivanja, 1018 japanskih pacijenata kojima je dijagnosticiran SSNS u djetinjstvu (dob početka<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">
Genotipizacija i imputacija cijelog genoma u fazi otkrivanja
U fazi otkrivanja, genotipizirano je 1018 slučajeva i 3331 kontrola pomoću niza Affymetrix Japonica.42 Devetnaest uzoraka isključeno je zbog niske stope poziva (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" pro-="" cess.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute443="" (version="" 2.3.1)="" using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="" info="">score >0.5. Kontrola kvalitete provedena je korištenjem sljedećeg praga: pojedinačna stopa propuštanja<3%, single-nucleotide="" variant/insertions,="" and="" deletions="" call="" rate="" $97%,="" maf="" $0.5%,="" and="" hardy-="" weinberg="" equilibrium="" p="" $="" 0.0001="" in="" healthy="" controls.="" an="" identical-="" by-descent="" test="" was="" performed="" using="" a="" threshold="" of="" pi-hat="">{{0}}.1875. Analiza glavnih komponenti provedena je korištenjem analize složenih svojstava na cijelom genomu (verzija 1.26.0)44 za slučajeve, kontrole i podatke faze III HapMapa (113 CEU [populacija sjeverozapadne Europe], 113 YRI [Joruba u
Ibadan, Nigerija], 84 CHB [Han Kinezi u Pekingu, Kina] i 86 JPT [japansko stanovništvo u Tokiju, Japan]); uzorci koji su identificirani kao ekstremi bili su isključeni (dopunska slika S1A–E).
Analiza asocijacija na cijelom genomu u fazi otkrivanja
Analize asocijacija na cijelom genomu i uvjetne analize temeljene na varijantama jednog nukleotida provedene su pomoću logističke regresije, prilagođavajući spol i prve 4 glavne komponente (PC1 do PC4) putem PLINK 1.9. R paket "qqman" korišten je za generiranje Manhattan i QQ dijagrama. Regionalni dijagrami generirani su korištenjem Locuszooma (1000 genoma studeni 2014. ASN korišten je kao referenca neravnoteže veze).45
Genski test i analiza genetskog skupa
Testovi temeljeni na genima i analize skupa gena provedeni su pomoću MAGMA v1.646 (implementirano putem FUMA47). Baza podataka Genotype-Tissue Expression (GTEx)48 i NephVS eQTL Browser (NephQTL)21 korišteni su za pronalaženje eQTL-ova koji utječu na ekspresiju različitih gena u različitim tkivima i tkivima specifičnim za bubrege.
Replikacija SNP-ova kandidata
Replikacija je provedena u više populacija. Sudionici u korejskom skupu podataka regrutirani su iz Južne Koreje. MWPNC kohorta uključivala je 181 pacijenta južnoazijskog podrijetla regrutiranog iz SAD-a i Šri Lanke, 158 pacijenata afričkog podrijetla regrutiranog iz
Slika 4| Ekspresija mRNA glomerula NPHS1 uNefrotski sindromStudijska mreža (NEPTUNE) kohorta. (a) Fragmenti NPHS1 po milijunu ekspresije u kilobazi uspoređujući uzorke s haplotipom rizika u odnosu na haplotip bez rizika NPHS1. Uzorci s haplotipom rizika NPHS1 ne pokazuju značajno različite razine ekspresije (Wilcoxonov test, P=0.39). (b) Ekspresija specifična za alele (ASE) uspoređujući uzorke s rizičnim haplotipom NPHS1 u odnosu na one bez njega. ASE ¼ |0.5 – (haplotip A / ukupno čitanja)|. U bolesnika s rizičnim alelima, haplotip A sadrži svih 5 varijanti rizika NPHS1; u pacijenata bez rizičnog haplotipa, haplotip A je nasumično odabran između 1 od njihova 2 haplotipa. Uzorci s manje od 2 heterozigotna jednonukleotidna polimorfizma ili u donjih 10 posto ukupnog broja označeni su sivom bojom. Uzorci s rizičnim haplotipom NPHS1 pokazuju značajnu ekspresiju specifičnu za alel s nižom ekspresijom rizičnog haplotipa (Wilcoxonov test, P=9,3E–4). CPM se računa na milijun.
SAD-u i Nigeriji, a 63 europska i 27 hispanoameričkih pacijenata regrutirano je iz SAD-a. NEPHROVIR kohorta uključivala je 132 europske, 56 afričke i 85 magrebske djece sa SSNS-om, regrutirana na području Pariza; 2000 europskih kontrola iz 3 grada i 454 kontrole iz 1000G afričke kohorte i 261 marokanske kontrole korištene su kao kontrole koje se podudaraju s populacijom. Talijanska i španjolska (ItSpa) kohorta sastojala se od 112 europskih pacijenata iz Italije i Španjolske i 552 kontrolne skupine iz 1000G europske kohorte. Detaljne informacije o skupovima podataka svake populacije prikazane su u Dopunskim metodama i Tablici 1.
U fazi replikacije, logistička regresija je provedena u korejskom skupu podataka korištenjem podataka o individualnom genotipu. P vrijednosti izračunate su Pearsonovim c2 testom ili Fisherovim egzaktnim testom u kohorti MWPNC i javnim bazama podataka. Za ćeliju ¼ 0 u c2 testu, 0.5 je dodan u svaku od 4 ćelije za izračunavanje OR-ova, standardne pogreške (SE) i 95-postotnog intervala pouzdanosti. U skupovima podataka NEPHROVIR i ItSpa, analize povezanosti provedene su prema aditivnom modelu.
Transetnička meta-analiza
Transetnička meta-analiza provedena je pomoću metode inverzne varijance temeljene na modelima fiksnih ili slučajnih učinaka prema "META."49 Heterogenost je uzeta u obzir kada je Cochran Q test imao P-vrijednost < 0.10.="" pita="">< 5e–08="" smatra="" se="" pragom="" značajnosti="" za="" cijeli="" genom="" za="">
ASE analiza u kohorti NEPTUNE
Ukupna RNA iz glomerularnih biopsija i 30X sekvenciranje cijelog genoma provedeno je na 269 i 625 uzoraka iz NEPTUNE20 (pogledajte dodatne podatke20 za više detalja). Varijante na kromosomu 19 su filtrirane, uklanjajući MAF < 0,0001,="" umetanja="" i="" brisanja,="" ocjenu="" kvalitete="" genotipa="">< 20="" i="" nedostajuće=""> 10 posto. Varijante su fazno definirane s Eagleom v2.4.150 na Michigan Imputation Serveru51 pomoću referentne ploče faze 3 od 1000 genoma.52 Identificirani su uzorci koji sadrže svih 5 rizičnih alela kromosoma 19 (rs56117924, rs2073901, rs412175, rs2285450 i rs404299). Kvantifikacija gena (Log2CPM) izračunata je metodom normalizacije edgeR trimmed mean of M values (TMM).53 NPHS1 i okolna intergenska regija od 1 KB (chr19: 36,315,274–36,343,895) posebno su usredotočeni na bam datoteke. NPHS1 bam datoteke i fazno sekvenciranje cijelog genoma uneseno je u phASER54 kako bi se izvršilo faziranje haplotipa. Zbog visoke žarišne točke rekombinacije unutar NPHS1, pronašli smo nekonzistentno faziranje rs2071347 (NPHS1, egzon 26) kada smo uspoređivali različite referentne panele i metode, te smo ga stoga uklonili iz nizvodnih analiza. Koristili smo phASER za izračunavanje ekspresije specifične za haplotip zbrajanjem broja RNA-seq svih heterozigotnih SNP-ova. Uzorci s manje od 20 ukupnih očitanja preko NPHS1 su uklonjeni. Za 187 preostalih uzoraka, izračunali smo ASE kao j0,5 – (haplotip A / ukupna očitavanja)j. U bolesnika s rizičnim haplotipom, haplotip A sadrži svih 5 varijanti rizika NPHS1; kod pacijenata bez rizičnog haplotipa, haplotip A je nasumično odabran iz jednog od njihova 2 haplotipa. Zatim smo usporedili ASE i ekspresiju gena za uzorke sa i bez plottipova rizika s Wilcoxonrank-sumtestinR. Ukupna očitanja i broj podržavajućih heterozigotnih SNP-ova varirali su među uzorcima. Uzorci s nižom moći otkrivanja ASE, manje od 2 heterozigotna SNP-a ili u donjih 10 posto ukupnih očitanja ipak su uključeni radi cjelovitosti i označeni su sivim točkama na slikama 4a i b.
HLA fino mapiranje
Metode za imputaciju HLA i HLA genotipizaciju prikazane su u Dopunskim metodama.
Proračun snage
Snaga otkrića GWAS (987 slučajeva i 3206 kontrola) izračunata je korištenjem R paketa "CATS".55 Uz pretpostavku prevalencije bolesti od 0.016 posto, snaga studije izračunata je zasebno prema aditivni model za varijante s učestalošću alela od 0,5 posto, 5 posto i 50 posto, s pragom značajnosti ¼ 5E–08 (dodatna slika S2). Online Sample Size Estimator Instituta za bioinformatiku56 korišten je za procjenu snage replikacije za svaki
kandidat SNP-a.
Procjena nasljednosti
Nasljednost bolesti objašnjena varijantama na cijelom genomu procijenjena je analizom kompleksnih svojstava na cijelom genomu43,57 (analiza složenih svojstava na cijelom genomu—LDMS metoda), uz pretpostavku da je prevalencija bolesti 0.016 posto u japanskoj populaciji. U analizu su uključene sve varijante koje su prošle proceduru kontrole kvalitete nakon imputacije cijelog genoma. Varijante su grupirane kao uobičajene varijante (MAF > 5 posto) ili neuobičajene varijante (0,5 posto < maf="" #="" 5="" posto)="" prilikom="" izrade="" matrica="" genetskih="" odnosa="" tijekom="" izračuna.="" pojedinosti="" su="" prikazane="" u="" dopunskim="">
DODATAK
Istraživački konzorcij o genetici dječjih idiopatskih bolestiNefrotski sindromu Japanu
Yoshinori Araki, Yoshinobu Nagaoka, Takayuki Okamoto, Yasuyuki Sato, Asako Hayashi, Toshiyuki Takahashi, Hayato Aoyagi, Michihiko Ueno, Masanori Nakanishi, Nariaki Toita, Kimiaki Uetake, Norio Kobayashi, Shoji Fujita, Kazushi Tsuruga, Naonori Kumagai, Hiroki Kudo, Eriko Tanaka, Tae Omori, Mari Okada, Yoshiho Hatai, Tomohiro Udagawa, Yaeko Motoyoshi, Kenji Ishikura, Koichi Kamei, Masao Ogura, Mai Sato, Yuji Kano, Motoshi Hattori, Kenichiro Miura, Yutaka Harita, Shoichiro Kanda, Emi Sawanobori, Anna Kobayashi , Manabu Kojika, Yoko Ohwada, Kunimasa Yan, Hiroshi Hataya, Riku Hamada, Chikako Terano, Ryoko Harada, Yuko Hamasaki, Junya Hashimoto, Shuichi Ito, Hiroyuki Machida, Aya Inaba, Takeshi Matsuyama, Miwa Goto, Masaki Shimizu, Kazuhide Ohta, Yohei Ikezumi, Takeshi Yamada, Toshiaki Suzuki, Soichi Tamamura, Yukiko Mori, Yoshihiko Hidaka, Daisuke Matsuoka, Tatsuya Kinoshita, Shunsuke Noda, Masashi Kitahara, Naoya Fujita, Satoshi Hibino, Kazumoto Iijima, Kandai Nozu, Hiroshi Kaito, Shogo Minamikawa, Tomohiko Yamamura, China Nagano, Tomoko Hori-nouchi, Keita Nakanishi, Junya Fujimura, Nana Sakakibara, Yuya Aoto, Shinya Ishiko, Ryojiro Tanaka, Kyoko Kanda, Yosuke Inaguma, Yuya Hashimura, Shingo Ishimori, Naohiro Kamiyoshi, Takayuki Shibano, Yasuhiro Takeshima, Rika Fuji- maru, Hiroaki Ueda, Akira Ashida, Hideki Matsumura, Takuo Kubota, Taichi Kitaoka, Yusuke Okuda, Toshihiro Sawai, Tomoyuki Sakai, Yuko Shima, Taketsugu Hama, Mikiya Fujieda, Masayuki Ishihara, Shigeru Itoh, Takuma Iwaki, Maki Shi-mizu, Koji Nagatani, Shoji Kagami, Maki Urushihara, Yoshitsugu Kaku, Manao Nishimura, Miwa Yoshino, Ken Hatae, Maiko Hinokiyama, Rie Kuroki, Yasufumi Ohtsuka, Masafumi Oka, Shinji Nishimura, Tadashi Sato, Seiji Tanaka, Ayuko Zaitsu, Hitoshi Nakazato, Hiroshi Tamura i Koichi Nakanishi
Korejski konzorcij nasljednih bubrežnih bolesti u djece
Min Hyun Cho, Tae-Sun Ha, Hae Il Cheong, Hee Gyung Kang, Il-Soo Ha, Ji Hyun Kim, Peong Gang Park, Myung Hyun Cho, Kyoung Hee Han i Eun Mi Yang
Pedijatrijski nefrološki konzorcij srednjeg zapada (Genetika nefrotike
grupa za proučavanje sindroma)
Alejandro Quiroga, Asha Moudgil, Blanche Chavers, Charles Kwon, Corinna Bowers, Deb Gipson, Deepa Chand, Donald Jack Weaver, Elizabeth Abraham, Halima Janjua, Jen-Jar Lin, Larry Greenbaum, Mahmoud Kallash, Michelle Rheault, Nilka De Jesus Gonzalez, Patrick Brophy, Rasheed Gbadegesin, Shashi Nagaraj, Susan Massengill, Tarak Srivastava, Tray Hunley, Yi Cai, Abiodun Omoloja, Cynthia Silva, Adebowale Adeyemo, Shenal Thalgahagoda, Jameela A. Kari i Sherif El Desk
NEHROVIR
Mohammed Abdelhadi, Rachida Akil, Sonia Azib, Romain Basmaci, Gregoire Benoist, Philippe Bensaid, Philippe Blanc, Olivia Boyer, Julie Bucher, Anne Chace, Arnaud Chalvon, Marion Cheminee, Sandrine Chendjou, Patrick Daoud, Georges Deschênes, Claire Dossier, Ossam Elias , Chantal Gagliadone, Vincent Gajdos, Aurélien Galerne, Evelyne Jacqz Aigrain, Lydie Joly Sanchez, Mohamed Khaled, Fatima Khelfaoui, Yacine Laoudi, Anis Larakeb, Tarek Limani, Fouad Mahdi, Alexis Mandelcwaijg, Stephanie Muller, Kacem Nacer, Sylvie Nathanson, Béatrice Pellegrino , Isabelle Pharaon, Véronica Roudault, Sébastien Rouget, Marc Saf, Tabassom Simon, Cedric Tahiri, Tim Ulinski i Férielle Zenkhri
RAZOTKRIVANJE
MGS je primio naknade za savjetovanje od tvrtke Maze Therapeutics. AS je dobio potporu za putovanja od Biofem Pharmaceuticals. GD je primio naknade za savjetovanje od Chiesija i Biocodexa, naknadu za predavanja od Alnhylama i potporu za putovanja od Sanofija. MV je primio naknade za savjetovanje od Achillion Pharmaceuticals i Gentium-Jass, naknadu za predavanje od Sanofija i potporu od Alexion Pharmaceuticals. Kii je primao naknade za savjetovanje od Zenyakua Kogya. Svi ostali autori izjavili su da nemaju suprotstavljenih interesa.
ZAHVALA
Zahvaljujemo svim pacijentima koji su sudjelovali u ovoj studiji i njihovim obiteljima, te gospođi Yoshimi Nozu i gospođi Ming Juan Ye na njihovoj tehničkoj pomoći. Zahvaljujemo Minoru Nakamura, Hitoshi Okazaki i Mika Matsuhashi na njihovoj podršci u funkcionalnim studijama. Zahvaljujemo J. Ludovicu Croxfordu, Ph.D., iz Edanz Group (www.edanzediting.com/ac) za uređivanje nacrta ovog rukopisa.
Sažeti podaci o varijantama otkrića GWAS dostupni su putem baze podataka Japan National Bioscience Database Center (ID istraživanja: hum0126.v2.imp-GWAS.v1, https://humandbs. biosciencedbc.jp/en/hum0126- v2).
Ovaj rad su podržali: Japanska agencija za medicinska istraživanja i razvoj (AMED) pod brojem granta JP17km0405108h0005 za Kii, KIs, KN i KT, i JP17km0405205h0002 i 18km0405205h0003 za KT i MN; i Japansko društvo za promicanje znanosti (JSPS) u okviru Grant-in-Aid za znanstvena istraživanja koja potiču zajedničko međunarodno istraživanje (B) 18KK0244 za Kii, YH, TH, CN i KN. Dio ove studije financiran je grantom Europskog istraživačkog vijeća ERC-2012-ADG_20120314 (ugovor o dodjeli 322947) i grantom Agence Nationale pours la Recherche "Genetransnephrose" ANR-16-CE{{17} } za PR. RG podržavaju Nacionalni instituti za zdravlje/Nacionalni instituti za dijabetes i probavne i bubrežne bolesti (NIH/NIDDK) potpore 5R01DK098135 i 5R01DK094987, Doris Duke Charitable Foundation Clinical Scientist Development Award 2009033 i nagrada Duke Health Scholars. MGS podržava potpora Nacionalnog instituta za zdravlje (R01-DK108805). TheNefrotski sindromStudy Network Consortium (NEPTUNE; U54-DK-083912) dio je Nacionalnog centra za napredne translacijske znanosti (NCATS). Mreža za klinička istraživanja rijetkih bolesti (RDCRN) podržana je kroz suradnju između Ureda za istraživanje rijetkih bolesti (ORDR), NCATS-a i Nacionalnog instituta za dijabetes, probavne i bubrežne bolesti. RDCRN je inicijativa ORDENA NCATS-a. Dodatno financiranje i/ili programsku podršku za ovaj projekt osigurali su Sveučilište u Michiganu, NephCure Kidney International i Zaklada Halpin. Skupina NEPHROVIR podržana je s 2 potpore Georgesu Deschênesu iz Programa
Hospitalier de Recherche Clinique: dodjeljuje PHRC 2007-AOM07018 i PHRC 2011-AOM11002. Mrežu NEPHROVIR koordiniraju Pedijatrijska nefrološka jedinica bolnice Robert Debré, "Unité de Recherche Clinique de l'Est Parisien" i "Délégation de la Recherche Clinique de la Région Ile-de-France". Marinu Vivarelli podržala je Associazione per la Cura del bambino Nefropatico ONLUS (Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale).
DOPUNSKI MATERIJAL
Dodatna datoteka (PDF)
Dopunske bilješke. Istraživački konzorcij o genetici dječjih idiopatskih bolestiNefrotski sindromu Japanu, Korejski konzorcij za nasljedne bubrežne bolesti u djece, Pedijatrijski nefrološki konzorcij srednjeg zapada (GenetikaNefrotski sindromstudijska grupa) i NEPHROVIR.
Dopunske postupne uvjetne analize u HLA regiji i HLA fino mapiranje.
Dopunske metode.
Tablica S1. Definicije NS.
Tablica S2. Kliničke informacije pacijenata u otkriću GWAS i međunarodnoj replikacijskoj studiji.
Tablica S6. Značajni skupovi gena s P vrijednostima < 0.05="" nakon="" bonferronijeve="" korekcije="" u="" analizi="" skupa="" gena="" pomoću="">
Tablica S9. Postepene uvjetne analize u HLA regiji.
Tablica S10. HLA haplotipovi značajno su povezani s japanskim SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka. Tablica S11. HLA aleli značajno su povezani s japanskim SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka. Tablica S16. Analiza povezanosti HLA-DRB1-DQB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka. Tablica S19. Analiza povezanosti HLA-ACB-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka.
Tablica S20. Homozigoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 i HLA-DRB1*13:02–DQB1*06:04, te heterozigoti HLA-DRB1*08:02–DQB1*03:02 i HLA-DRB1 *13:02–DQB1*06:04 u fazi otkrivanja HLA-imputacijom.
Tablica S21. Procjena heritabiliteta korištenjem autosomnih varijanti u otkriću japanskog skupa uzoraka.
Slika S1. Analiza glavnih komponenti u otkriću GWAS koristeći uzorke HapMap faze III kao referencu (113 stanovnika Utaha s podrijetlom iz sjeverne i zapadne Europe [CEU], 113 Yoruba u Ibadanu [YRI], 84 Han Kineza u Pekingu [CHB] i {{ 4}} japanski u Tokiju [JPT]).
Slika S2. Snaga otkrića GWAS.
Slika S3. Kvantil-kvantil (Q–Q) dijagram P vrijednosti za SNP-ove izračunat pomoću logističke regresije s prilagodbom za spol i PC1–4 (987 slučajeva sa SSN-ovima u djetinjstvu i 3206 zdravih kontrola). Slika S4. Uvjetna analiza u lokusu kandidata na 19. kromosomu.
Slika S5. Uvjetna analiza u lokusu kandidata na kromosomu 9.
Slika S6. Uvjetna analiza u lokusu kandidata na 18. kromosomu.
Slika S7. Lokacija i oznaka 5 SNP-ova odabranih za replikaciju u NPHS1-KIRREL2 regiji (A).
Slika S8. Manhattanski dijagram MAGMA-inog testa temeljenog na genima. Slika S9. Postepene uvjetne analize u HLA regiji. Slika S10. Procjena nasljednosti temeljene na SNP-u u japanskoj populaciji.
Slika S11. Shematski dijagram alel-specifične ekspresije NPHS1. I rizični i nerizični uzorci pokazuju ista ukupna očitanja.
Dodatna datoteka (Excel)
Tablica S3. Varijante s P vrijednostima < 1e–05="" u="" otkriću="" gwas.="" tablica="" s4.="" snaga="" kohorti="" replikacije="" za="" replikaciju="" snp-ova="">
Tablica S5. Geni značajni za cijeli genom povezani sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja MAGME.
Tablica S7. Geni uključeni u 4 značajna skupa gena u analizi skupa gena koju je provela MAGMA.
Tablica S8. Varijante s P vrijednostima < 0.05="" u="" regiji="" kandidata="" na="" kromosomu="" 19="" (36,2–36,6="" mb)="" u="" gtex="" bazi="" podataka="" i="" nephqtl="" eqtl="">
Tablica S12. Analiza povezanosti HLA alela gena HLA klase I sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja korištenjem HLA-imputiranih podataka. Tablica S13. Analiza povezanosti HLA alela gena HLA klase II sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja korištenjem HLA-imputiranih podataka. Tablica S14. Analiza povezanosti HLA-AB haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka. Tablica S15. Analiza povezanosti HLA-ACB haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka. Tablica S17. Analiza povezanosti HLA-DRB1-DQB1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka.
Tablica S18. Analiza povezanosti HLA-DRB1-DQB1-DPA1-DPB1 haplotipova sa SSN-ovima iz djetinjstva u fazi otkrivanja pomoću HLA-imputiranih podataka.
REFERENCE
1. Noone DG, Iijima K, Parekh R. Idiopatskinefrotski sindromkod djece. Lanceta. 2018;39:61–74.
2 Chanchlani R, Parekh RS. Etničke razlike u djetinjstvunefrotski sindromFrant Pedat.2016y:39.
3 Kikunaga K bhikuaK Terano C et al. Visoka incidencija idiopatskog nefrotskog sindroma u istočnoazijske djece: nacionalno istraživanje u Japanu (JP-SHINE studija). Clin Exp Nephral.2017;21651-657.
4 Bijela RH. Obiteljnefrotski sindromLA Europska anketa. ClnNephral. 19731215-219.
