Studija udruge koja obuhvaća cijeli genom identificira nove lokuse za krajnji stadij bubrežne bolesti pripisan dijabetesu tipa 2 u Afroamerikanaca
Mar 04, 2022
Meiji Guan1,2, Jacob M. Keaton1,2, Latchezar Dimitrov1,2, Pamela J. Hicks1,2, Jianzhao Xu1,2, Nicholette D. Palmer1,2,3, Lijun Ma4, Swapan K. Das5, Yii-Der I . Chen6, Josef Coresh7, Myriam Fornage8, Nora Franceschini9, Holly Kramer10,11, Carl D. Langefeld12,13, Josyf C. Mychaleckyj14, Rulan S. Parekh15, Wendy S. Post7, Laura J. Rasmussen-Torvik16, Stephen S. Rich14 , Jerome I. Rotter6,17, John R. Sedor18,19, Denyse Thornley-Brown20, Adrienne Tin7, James G. Wilson21, Barry I. Freedman4, Donald W. Bowden1,2,3, Maggie CY Ng1,2,3* i FIND Consortium
Sažetak
Pozadina: Završna fazabubregbolest(ESKD) značajan je javnozdravstveni problem koji nerazmjerno pogađa Afroamerikance (AA). Dijabetes tipa 2 (T2D) vodeći je uzrok ESKD-a u SAD-u, a napori da se otkrije genetska osjetljivost na dijabetičku bubrežnu bolest (DKD) imali su ograničen uspjeh. Prethodna studija povezanosti genoma (GWAS) u AA s T2D-ESKD proširena je dodatnim slučajevima AA i kontrolama te genotipovima pripisanim referentnoj ploči s 1000 genoma veće gustoće. Analiza otkrića uključila je 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 kontrola bez dijabetesa i nefropatije (N = 10,409), nakon čega slijedi analiza diskriminacije u 2756 kontrola bez nefropatije T2D kako bi se isključile varijante povezane s T2D.
Rezultati:Šest neovisnih varijanti smještenih u ili blizuRND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, iAPOL1postignuta značajna povezanost na razini genoma (P <5×>−8) s T2D-ESKD. Nakon proširenih analiza 1910nedijabetičarESKD slučajeva i 908 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije, meta-analiza 5342 AA svih uzroka ESKD slučajeva i 6977 AA nedijabetičkih kontrola bez nefropatije otkrila je dodatni novi lokus ESKD svih uzroka naEFNB2(rs77113398;P = 9.84 × 10–9; ILI=1.94). Isključenje odAPOL1nositelji genotipa s bubrežnim rizikom identificirali su dva dodatna značajna lokusa povezana s T2D-ESKD-om na cijelom genomuGRAMD3iMGAT4C. Druga varijanta naGNG7(rs373971520;P = 2.17 × 10–8, ILI=1.46) ostao povezan s ESKD-om svih uzroka uAPOL1- negativna analiza.
Zaključci:Nalazi pružaju dodatne dokaze za genetske čimbenike povezane s uznapredovalom bolešću bubrega u AA s T2D.
Ključne riječi:Afroamerikanci, studija povezanosti genoma, dijabetes tipa 2, dijabetička bolest bubrega,Završni stadij bolesti bubrega
Za više informacija kontaktirajte:emily.li@wecistanche.com
Uvod
Sve više dokaza ukazuje na to da genetski čimbenici igraju glavnu ulogu u osjetljivosti na krajnji stadijbubregbolest(ESKD). Ovo je osobito važno za Afroamerikance (AA) gdje su stope incidencije ESKD-a više od tri puta veće od europskih Amerikanaca (EA) [1]. Stope smrtnosti za ESKD, dijalizne i transplantirane pacijente su 136, 166, odnosno 30 na 1000 pacijent-godina i čine 7,2 posto troškova potraživanja koje plaća Medicare [1]. Dijabetes, od kojeg 95 posto pacijenata ima dijabetes tipa 2 (T2D), ostaje vodeći prijavljeni uzrok ESKD-a u SAD-u i čini > 44 posto slučajeva [1]. Poboljšanja u kontroli glikemije, lipida i krvnog tlaka nisu značajno smanjila prevalenciju dijabetesabubregbolest(DKD) [1, 2]. Osim toga, obiteljska agregacija DKD-a neovisna je o socioekonomskom statusu i utvrđenim okolišnim čimbenicima rizika [3, 4]. Iako aleli G1 i G2 u genu za apolipoprotein L1 (APOL1) doprinose 50-70 posto nedijabetičkog ESKD-a u AA, oni ne objašnjavaju u potpunosti povećani rizik od T2D-a pripisanog ESKD-a (T2D-ESKD) u ovoj populaciji [ 5–7].
Studije asocijacije na cijelom genomu (GWAS) identificirale su > 70 značajnih varijanti na cijelom genomu povezanih s kroničnimbubregbolest(CKD), albuminurija ili bubrežna funkcija u populacijama europskog porijekla [8-11]. Međutim, nekoliko lokusa bilo je povezano s DKD-om u različitim populacijama i oni se ne repliciraju dosljedno, dijelom zbog ograničene veličine uzorka [12-18]. Etiologija bubrežnih komplikacija u bolesnika s T2D vjerojatno je heterogenija nego u bolesnika s dijabetesom tipa 1 [16]. Stoga je potrebna pažljiva fenotipizacija i veća veličina uzorka kako bi se poboljšala statistička snaga. Kako bismo istražili genetsku arhitekturu uznapredovale bubrežne bolesti kod T2D-a, proširili smo naše prethodne GWAS (2890 pacijenata s ESKD-om i 1719 kontrola bez dijabetesa i nefropatije) na veći uzorak AA s teškimbubregbolest. Analize povezanosti provedene su u šest neovisnih AA kohorti (Wake Forest School of Medicine, WFSM; Family Investigation of Nephropathy and Diabetes, FIND; Atherosclerosis Risk in Communities Study, ARIC; Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis, MESA; Jackson Heart Study, JHS; i Coronary Artery Risk Development in Young Adults, CARDIA) za T2D-ESKD ili nedijabetički ESKD kroz dizajn studije u više faza (slika 1). To je obuhvatilo 15 075 AA klasificiranih u četiri fenotipske skupine: slučajevi T2D-ESKD (N=3432), kontrole bez nefropatije bez dijabetesa (N=6977), kontrole nefropatije s nedostatkom T2D (N {{16} }) i slučajevi ESKD-a bez dijabetesa (N=1910).
U fazi otkrivanja, GWAS je proveden u 3432 T2D-ESKD slučaja i 6977 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije, nakon čega je uslijedila analiza diskriminacije kako bi se isključili lokusi povezani s T2D u 2756 T2D kontrola bez nefropatije. Proširene analize provedene su u 1910 AA s nedijabetičkim ESKD-om i 908 kontrola bez nefropatije kako bi se procijenio doprinos lokusa povezanih s T2D-ESKD-om nedijabetičkombubregbolest. Meta-analiza dijabetičkih i nedijabetičkih slučajeva ESKD-a procijenila je genetske povezanosti u svim uzrocima ESKD-a. APOL1-povezani oblici nedijabetičarabubregbolesti T2D često koegzistiraju kod pacijenata. Kao takvi, mnogi dijabetičari sabubregbolestmože se pogrešno klasificirati kao DKD, budući da je dijagnostičkibubregbiopsije se obično ne rade. Ovdje je provedena druga GWAS analiza koja isključuje pojedince s genotipovima APOL1 s bubrežnim rizikom kako bi se smanjila pogrešna klasifikacija T2D-ESKD.
Rezultati
Pregled studije
Ova studija ima > 80 posto snage za otkrivanje uobičajenih varijanti (MAF Veći ili jednak 0,10) s umjerenim učinkom (ILI Veći ili jednak 1,3) na razini značajnosti od 5 × 10−8 (http: //csg.sph.umich.edu/abecasis/ cats/). Sve u svemu, sedam značajnih lokusa za cijeli genom (P<5× 10−8="" )="" associated="" with="" t2d-eskd="" were="" identified="" in="" either="" the="" baseline="" model="" (rnd3/rbm43,="" slitrk3,="" enpp7,="" gng7,="" and="" apol1)="" or="" apol1-negative="" model="" (enpp7,="" gramd3,="" and="" mgat4c).="" in="" addition="" to="" apol1,="" two="" loci,="" efnb2="" and="" gng7,="" also="" reached="" genome-wide="" significance="" in="" the="" all-cause="" eskd="" meta-analysis="" under="" either="" the="" baseline="" or="" apol1-negative="">
Kliničke karakteristike sudionika istraživanja
Tablice 1 i 2 uključuju detaljne karakteristike sudionika istraživanja. Slučajevi ESKD-a odabrani su iz studija WFSM (Affy6.0, Axiom i MEGA), FIND i ARIC. Pojedinci s T2D-ESKD ili nefropatijom bez T2D bili su stariji (ili slične dobi) u usporedbi s nedijabetičkim kontrolama bez nefropatije pri zapošljavanju. Međutim, prosječna dob pri postavljanju dijagnoze T2D-a u slučajevima T2D-ESKD-a i kontrola nefropatije s nedostatkom T2D-a bila je mlađa od nedijabetičkih kontrola bez nefropatije pri zapošljavanju. Sve T2D kontrole bez nefropatije i kontrole bez dijabetesa i nefropatije imale su normalan eGFR veći ili jednak 60 ml/min/1,73 m2. Uz to, kontrolne skupine bez dijabetesa i nefropatije imale su razinu glukoze natašte < 126="" mg/dl.="" kontrolne="" osobe="" s="" nefropatijom="" bez="" t2d-a="" bile="" su="" pretilije="" od="" t2d-eskd="" ili="" slučajeva="" eskd-a="" bez="" dijabetesa="" i="" kontrolne="" skupine="" bez="" dijabetesa,="" bez="" nefropatije,="" osim="" što="" su="" slučajevi="" t2d-eskd-a="" u="" aric-u="" bili="" pretiliji="" od="" ostalih="">
Analiza povezanosti T2D-ESKD faze 1 i faze 2
U fazi 1 otkrića, GWAS je proveden odvojeno u tri skupa podataka: (1) 1513 T2D-ESKD slučajeva i 5299 nedijabetičkih nefropatijskih kontrola genotipiziranih na Affy6.0, doprinos WFSM, FIND, ARIC, JHS, MESA, i CARDIA (stadij 1a); (2) 1700 T2D-ESKD slučajeva i 770 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije iz WFSM genotipizirane nizom genotipizacije Axiom Biobank (stadij 1b); i (3) 219 slučajeva T2D-ESKD i 908 kontrola bez dijabetesa i nefropatije iz WFSM genotipiziranih na MEGA (stadij 1c). Provedena je meta-analiza (faza 2) kako bi se kombinirali rezultati povezanosti za 3432 slučaja T2D-ESKD i 6977 kontrola bez dijabetesa i nefropatije iz stadija 1a, 1b i 1c. Faktor inflacije λ od 1,013 primijećen je nakon korekcije za genomsku kontrolu (dodatna datoteka 1: slika S1), što sugerira da su struktura populacije i kriptična povezanost bili dovoljno prilagođeni. Među varijantama koje pokazuju sugestivne povezanosti (P < 1="" ×="" 10-5),="" 59="" varijanti="" s="" i2="" većim="" ili="" jednakim="" 80="" posto="" isključeno="" je="" zbog="" visoke="" heterogenosti="" u="" veličinama="" učinka="" u="" studijama.="" ukupno="" 478="" preostalih="" varijanti="" procijenjeno="" je="" u="" analizi="" diskriminacije="" (81="" od="" njih="" postigla="" je="" značaj="" za="" cijeli="" genom;="" dodatna="" datoteka="" 1:="" tablica="">
Analiza diskriminacije u fazi 3
Kako bi se utvrdilo jesu li asocijacije T2D-ESKD identificirane u meta-analizi stupnja 1 potaknute povezanosti s T2D per se, provedena je analiza diskriminacije za T2D u kontrastu 2756 AA s nefropatijom bez T2D sa 6977 kontrola bez nefropatije bez dijabetesa iz faze 1 (Affy6.0, Axiom, MEGA; Dodatna datoteka 1: Tablica S3). Naknadno smo isključili 174 od 478 varijanti povezanih s T2D-ESK D nominalno povezanih s T2D u odsutnosti nefropatije. Među preostalim asocijacijama T2D-ESKD, najbolje varijante koje predstavljaju 6 neovisnih asocijacija postigle su značaj za cijeli genom (tablica 3, slika 2a). Najjača povezanost primijećena je za rs9622363 koji se nalazi na APOL1 (P=1.42 × 10−10, ILI=0.77, EAF=0.45). Ova je varijanta bila u umjerenoj neravnoteži povezivanja (r2=0.33 odnosno 0.34 u YRI) s alelima APOL1 G1 (rs60910145, rs73885319) povezanim s nedijabetičkim ESKD [6]. Druga najjača povezanost bila je na rs58627064, međugenskoj varijanti koja se nalazi blizu SLITRK3, (P=6.81 × 10−10, ILI=1.62, EAF=0.06). Dva neovisna signala, rs142563193 (P=1.24 × 10−8 , OR=0.74, EAF=0.23) i rs142671759 (P=5.53 × 10 −9 , ILI=2.26, EAF=0.02) na kromosomu 17 koji se nalazi u blizini ENPP7, također su bili značajni za cijeli genom. Osim toga, dvije asocijacije s T2D-ESKD, rs4807299 (P=3.21 × 10−8 , OR=1.67, EAF=0.05) smještene u GNG7 i rs72858591 (P Identificirani su=4.54 × 10−8 , ILI=1.43, EAF=0.10) koji se nalaze u RND3/RBM43 (slika 1a).
Faza 4 nedijabetičke analize ESKD-a i faze 5 meta-analize svih uzroka ESKD-a
Nakon faze diskriminacije, 304 varijante koje pokazuju sugestivnu povezanost s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10-5)="" testirane="" su="" u="" 1910="" neovisnih="" slučajeva="" eskd="" bez="" dijabetesa="" i="" 908="" kontrola="" iz="" faze="" 1c.="" cilj="" analize="" 4.="" stupnja="" bio="" je="" procijeniti="" doprinos="" lokusa="" povezanih="" s="" t2d-eskd="" u="">bubregbolest. Nakon isključivanja varijanti s heterogenošću I2 većom ili jednakom 80 posto, 25 varijanti je nominalno povezano s nedijabetičkim ESKD (P <0,05). snažne="" povezanosti="" (1,27="" ×="" 10−29="">< p="">< 8.86="" ×="" 10−15)="" primijećene="" su="" u="" regiji="" apol1-myh9,="" potvrđujući="" njihovu="" ulogu="" kod="">bubreg bolest. Provedena je meta-analiza svih uzroka ESKD-a, uključujući 5342 ESKD-a svih uzroka i 6977 kontrola bez nefropatije bez dijabetesa, kako bi se procijenila mogućnost generalizacije 25 varijanti povezanih s T2D-ESKD-om sa širim oblicima ESKD-a (stadij 5). Utvrđeno je da je 35 značajnih varijanti za cijeli genom na dva lokusa povezano s ESKD-om svih uzroka, uključujući 15 varijanti unutar ili blizu EFNB2 i 20 varijanti na APOL1 (Slika 1b). Najveća asocijacija u APOL1 bila je rs9622363 (P=1.96 × 10−25, OR=0.68, EAF=0.43), a najviši signal blizu EFNB2 bio je rs77113398 (P=9.84 × 10−9 , ILI=1.94, EAF=0.023) (Tablica 4, Slika 2b). Četiri dodatna neovisna lokusa pokazala su sugestivnu povezanost (P < 5="" ×="" 10-6)="" s="" eskd-om="" svih="" uzroka="" kod="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atpv1h="" i="" sybu/kcnv1="" (tablica="" 4,="" slika="">
Analiza povezanosti isključujući nositelje genotipa bubrežnog rizika APOL1
Sekundarna analiza je provedena isključujući nositelje genotipa bubrežnog rizika APOL1 u slučajevima T2D-ESKD i kontrole bez nefropatije bez dijabetesa (APOL1-negativni model) kako bi se obogatio ESKD povezan s T2D. Osnovni model pokazao je snažnu povezanost APOL1 i MYH9 s T2D-ESKD (tablica 3, slika 1a) što sugerira da su neki slučajevi možda bili pogrešno klasificirani i vjerojatnije da su imali nedijabetički ESKD. Ukupno 664 T2D-ESKD slučaja i 918 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije isključeno je iz analize faze 1, ostavljajući 2768 T2D-ESKD slučajeva i 6059 kontrola u APOL1-negativnom modelu. Nominalne povezanosti s T2D-ESKD (P < 1="" ×="" 10-5)="" uočene="" su="" s="" 522="" varijante="" (66="" od="" njih="" postiglo="" je="" značaj="" za="" cijeli="" genom;="" dodatna="" datoteka="" 1:="" tablica="" s2),="" a="" one="" su="" odabrane="" za="" analizu="" diskriminacije="" u="" fazi="" 3.="" dvjesto="" dvadeset="" i="" tri="" varijante="" koje="" su="" imale="" dokaz="" povezanosti="" s="" t2d="" per="" se="" (dodatna="" datoteka="" 1:="" tablica="" s4)="" i="" 24="" varijante="" koje="" pokazuju="" snažnu="" heterogenost="" (i2="" veći="" ili="" jednak="" 80)="" u="" meta-analizi="" su="" uklonjene.="" među="" značajnim="" varijantama="" za="" cijeli="" genom="" identificiranim="" u="" osnovnom="" modelu,="" rs142671759="" u="" enpp7="" (p="4.10" ×="" 10−8,="" or="2.30," eaf="0.024)" pokazao="" je="" dosljedna="" povezanost="" s="" t2d-eskd="" u="" apol1-negativnom="" modelu.="" dvije="" dodatne="" varijante="" postigle="" su="" značaj="" za="" cijeli="" genom,="" rs75029938="" u="" gramd3="" (p="2.02" ×="" 10–9,="" or="1.89," eaf="0.042)" i="" rs17577888="" u="" regiji="" mgat4c="" (p="3.87" ×="" 10−8="" ,="" ili="0.67," eaf="0.087)" (tablica="" 5,="" slika="">
Nadalje smo testirali 275 sugestivnih asocijacija T2D-ESKD koje su prošle diskriminaciju i imale su I2 < 80="" u="" 1019="" dodatnih="" slučajeva="" aa="" bez="" dijabetesa="" eskd="" koji="" su="" isključili="" nositelje="" genotipa="" bubrežnog="" rizika="" apol1.="" petnaest="" varijanti="" pokazalo="" je="" nominalni="" dokaz="" povezanosti="" s="" nedijabetičkim="" eskd-om.="" oni="" su="" naknadno="" testirani="" u="" meta-analizi="" svih="" uzroka="" eskd-a="" uključujući="" 3787="" slučajeva="" eskd-a="" svih="" uzroka="" i="" 6059="" nedijabetičkih="" kontrola="" bez="" nefropatije="" od="" kojih="" su="" isključeni="" nositelji="" genotipa="" bubrežnog="" rizika="" apol1.="" 2-brisanje="" parova="" baza="" u="" gng7,="" rs373971520="" (p="2.17" ×="" 10−8,="" ili="1.46," eaf="0.11)," postignuto="" na="" cijelom="" genomu="" značajna="" povezanost="" s="" eskd-om="" svih="" uzroka="" (slika="" 3b).="" sedam="" dodatnih="" lokusa="" pokazalo="" je="" nominalnu="" povezanost="" s="" eskd-om="" svih="" uzroka="" (p="">< 5="" ×="" 10−6),="" uključujući="" lpp,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/linc01522="" (tablica="" 6).="" najbolje="" asocijacije="" iz="" osnovnog="" modela="" imale="" su="" umjerenu="" neznatnost="" prigušenja,="" unatoč="" sličnim="" veličinama="" učinka,="" dijelom="" zbog="" smanjene="" veličine="" uzorka="" (dodatna="" datoteka="" 1:="" tablica="" s5).="" osim="" toga,="" proveden="" je="" treći="" gwas="" s="" apol1="" uključenim="" kao="" kovarijabom="" u="" model="" (apo="" l1-prilagođeni="" model)="" i="" usporedbom="" −log="" (p)="" vrijednosti="" s="" osnovnim="" i="" apol1-negativnim="" modelima.="" visoka="" korelacija="" (koeficijent="" korelacije="" osobe="" r="0.95)" primijećena="" je="" između="" apol1-prilagođenog="" i="" apol1--="" negativnog="" modela.="" rezultati="" sve="" tri="" usporedbe="" uključeni="" su="" u="" dodatnu="" dokumentaciju="" (dodatna="" datoteka="" 1:="" slika="">
Rasprava
Izvještavamo o rezultatima GWAS-a visoke gustoće koji istražuje genetsku osjetljivost na T2D-ESKD kod 15 075 AA. Najbolje varijante povezane s T2D-ESKD-om naknadno su procijenjene na povezanost s ne-dijabetičkim ESKD-om, a provedena je meta-analiza kako bi se testirala njihova generalizacija na uobičajene oblike ESKD-a. Osam neovisnih asocijacija u sedam genetskih lokusa pokazalo je značajnu povezanost s T2D-ESKD na razini cijelog genoma u osnovnim ili APOL1-negativnim modelima, uključujući RND 3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. Uz APOL1, dva značajna lokusa za cijeli genom povezana su s ESKD-om svih uzroka, EFNB2 i GNG7. Nadalje, 10 genetskih lokusa pokazalo je nominalnu povezanost s ESKD-om svih uzroka (P < 5="" ×="" 10-6),="" uključujući="" lpp,="" fstl5,="" oprk1/atp6v1h,="" sybu/kcnv1,="" alk/ypel5,="" mnx1-as1/ube3c,="" nup="" 98,="" linc01075/linc00448,="" tmco5a="" i="" sulf2/lin="">
Najznačajnija povezanost između T2D-ESKD (OR=0.77, P=1.42 × 10−10) i svih uzroka ESKD (OR=0.69, P {{11 }}.96 × 10−25) u osnovnom modelu bila je intronska varijanta rs9622363 u regiji APOL1 povezana s nedijabetičarimabubreg bolestkod osoba s afričkim podrijetlom. Uvjetovanje alela APOL1 G1 i G2 dramatično umanjuje njegov značaj [6]. Prijavljeno je da rs9622363 mijenja motive vezanja faktora transkripcije (TF) (Dodatna datoteka 1: Tablica S6). U nedavnoj studiji, aleli rs9622363 i APOL1 G1 formirali su haplotip koji je postigao najjaču povezanost s CKD-om u Nigerijaca [19]. Za razliku od G1 ili G2, glavni alel u rs9622363 (G, EAF=0.57) povezan je s rizikom od CKD. Nakon isključivanja nositelja genotipa bubrežnog rizika APOL1, povezanost s rs9622363 oslabila je. Ovo je potvrdilo da aleli rs9622363 i APOL1 G1 i G2 doprinose istom signalu. Identifikacija rs9622363 u osnovnom modelu može sugerirati pogrešnu klasifikaciju nekih slučajeva kao T2D-ESKD.
Intergenska varijanta (rs72858591) smještena između gena za GTPazu proteina RND3 i RBM43, koja kodira RNA vezni motiv proteina 43, otkrila je značajnu povezanost na cijelom genomu s T2D-ESKD. Povezan je s promjenama motiva vezanja TF-a i preklapa se s regijama promotora i pojačivača (dodatna datoteka 1: tablica S6). Nezavisna intergenska varijanta (rs7560163, r2=0.01, YRI) u ovoj regiji prethodno je bila povezana s T2D u AA [20]. Nasuprot tome, rs72858591 nije bio povezan s T2D (P=0.073) u ovoj studiji. Ovo može sugerirati da dva različita skupa varijacija u ovom lokusu neovisno doprinose T2D i T2D-ESKD, mogućem pleiotropnom učinku. Dvije neovisne varijante (rs142563193 i rs142671759) koje su u cijelom genomu bile značajno povezane s T2D-ESKD nalaze se blizu ENPP7. Ove se varijante preklapaju s regijama pojačivača i promotora, vrhovima preosjetljivosti na DNazu i/ili motivima vezanja TF (dodatna datoteka 1: tablica S6). Protein kodiran ENPP7 je intestinalna alkalna sfingomijelin fosfodiesteraza koja pretvara sfingomijelin u ceramid i fosfokolin. ENPP7 navodno utječe na apsorpciju kolesterola [21], a brojne studije sugeriraju da su razine lipoproteinskog kolesterola visoke gustoće čimbenici rizika za CKD u bolesnika s dijabetesom [22-24].
Dvije varijante koje se nalaze u GNG7 bile su povezane ili s T2D-ESKD (rs4807299; P=3.21 × 10−8, osnovni model) ili s ESKD-om svih uzroka (rs373971520; P=2.17 × 10− 8; APOL1-negativni model). Rs4807299 je povezan s promjenama motiva vezanja TF-a i preklapa se s regijama promotora i pojačivača (dodatna datoteka 1: tablica S6). GNG7 kodira podjedinicu G proteina gama 7, uključenu u funkciju središnjeg živčanog sustava [25] i rizik od raka [26, 27].
Budući da Afroamerikanci s dijabetesom i proteinurijom često ne dobiju dijagnostičku biopsiju bubrega, obično se pretpostavlja da je njihov ESKD uzrokovan DKD-om. Međutim, APOL1-povezan s nedijabetičarimabubregbolestmože biti pravi uzrok bolesti bubrega kod mnogih takvih pacijenata. Analize koje isključuju nositelje genotipa bubrežnog rizika APOL1 stvorile su homogeniju skupinu slučajeva i pružile priliku da se otkrije genetska arhitektura T2D-ESKD koja je neovisna o učinku APOL1. U APOL1-negativnom modelu, uz replikaciju ENPP7 identificiranu u osnovnom modelu, dva nova lokusa
postigla je značajnu povezanost na razini genoma s T2D ESKD: GRAMD3 (rs75029938; P=2.02 × 10−9 ) i MGA T4C (rs17577888; P=3.87 × 10−8). Funkcionalna napomena sugerira da su obje varijante smještene zajedno s motivima vezivanja TF. Rs75029938 može spadati u regije pojačivača i promotora, a rs17577888 je bio povezan s obiljem transkripta gena FLVCR1 u monocitima periferne krvi (P=6.41 × 10-6; Dodatna datoteka 1: Tablica S6). Genetska varijacija u GRAMD3 povezana je s pretilošću u multietničkoj meta-analizi genoma [28]. Prethodne studije pokazuju da je pretilost glavni faktor rizika za DKD [29]. MGAT4C kodira manozil (alfa-1,3-)-glikoprotein beta-1,4-N-acetilglukozaminiltransferazu, izozim C, koji sudjeluje u prijenosu N-acetilglukozamina (GlcNAc) do jezgrenih manoznih ostataka N-povezanih glikana. Potencijalna uključenost MGAT4C u DKD zahtijeva daljnje istraživanje.
Ova analiza uključila je skupinu AA s nedijabetičkim ESKD-om kako bi se procijenila generalizacija lokusa povezanih s T2D-ESKD-om u uobičajenim oblicima KBB-a. Meta-analiza koja je kombinirala slučajeve s T2D-ESKD i nedijabetičkim ESKD identificirala je dva nova značajna lokusa za cijeli genom povezana s ESKD svih uzroka uz APOL1; rs77113398 blizu EFNB2 (P=9.84 × 10−9; osnovni model) i rs373971520 u GNG7 (2.17 × 10−8; APOL1-negativni model). Rs77113398 preklapa se s pojačivačem, regijama promotora i vrhovima DNaze (dodatna datoteka 1: tablica S6). Prethodno skeniranje genoma u AA identificiralo je značajne dokaze za povezanost s ESKD-om na kromosomu 13q33 uključujući regiju EFNB2 i kod dijabetičkog ESKD-a i kod nedijabetičkog ESKD-a [30, 31]. Naknadna studija ispitala je 28 varijanti označavanja koje obuhvaćaju 39 kilobaza (kb) regije kodiranja EFNB2 i pokazala je nominalne povezanosti između dvije varijante i ESKD-a svih uzroka [32]. Međutim, ove prijavljene varijante nisu bile u korelaciji s rs77113398. Ephrin-B2 (EFNB2) se eksprimira u nefronu u razvoju; interakcije između efrina-B2 i njegovih receptora igraju važnu ulogu u glomerularnom mikrovaskularnom sklopu [33]. Osim toga, reverzna signalizacija efrina-B2 štiti od peritubularnog razrijeđivanja kapilara reguliranjem angiogeneze i vaskularne stabilnosti tijekombubregozljeda[34]. Ephrin-B1 također se lokalizira zajedno s proteinom povezanim s CD2- (CD2AP) i nefrinom na dijafragmi proreza podocita i igra važnu ulogu u održavanju funkcije barijere na dijafragmi proreza [35]. Transgeni miševi efrin B4 receptor kinaze razvijaju glomerulopatiju, koja se očituje spajanjem aferentnih i eferentnih arteriola koje zaobilaze glomerule [36]. Dakle, višestruki dokazi podupiru potencijalnu povezanost EFNB2 s kroničnom bubrežnom bolesti, a to je uzročni gen u osnovi povezivanja rs77113398 koji najviše obećava.
Ova studija ima prednosti i ograničenja. Iako je višefazni dizajn studije bio dobro osnažen, uključujući 15 075 AA, nedostajalo mu je ponavljanje povezanosti T2D-ESKD, osobito za rijetke varijante. Nadalje, nekoliko značajnih signala na razini cijelog genoma pokazalo je značajno različite veličine učinka u fazama, što se vjerojatno može pripisati razlikama u veličini uzorka u fazama i posljedici "prokletstva pobjednika", fenomena koji opisuje da je prava veličina genetskog učinka precijenjena zbog početni pozitivan nalaz. Za potvrdu ovih nalaza potrebna je buduća replikacija. Postoji nekoliko drugih postojećih zbirki s odgovarajućim uzorcima u AA; ovo ograničeni napori replikacije. Štoviše, teško je isključiti sve pojedince pogrešno klasificirane s DKD zbog čestog nedostatka biopsije bubrega. Stoga smo pažljivo isključili uzorke s ESKD-om pripisanim nedijabetičkim etiologijama na temelju kliničkih fenotipova i naknadno isključili nositelje genotipa bubrežnog rizika APOL1 s visokim rizikom za nedijabetičku ESKD. Ovo bi trebalo smanjiti pogrešnu klasifikaciju.
Zaključak
U zaključku, GWAS je proveden u AA s T2D-ESKD i sedam genetskih lokusa pokazalo je značajne dokaze povezanosti na cijelom genomu, uključujući RND3/RBM43, SLITRK3, ENPP7, GNG7, APOL1, GRAMD3 i MGAT4C. Osim APOL1, EFNB2 i GNG7 također su bili povezani s nedijabetičkim ESKD-om i otkrili su značajnu povezanost na cijelom genomu s ESKB-om svih uzroka. Potrebna su buduća istraživanja, uključujući genetičku replikaciju i eksperimentalnu validaciju ovih novoidentificiranih asocijacija kako bi se procijenio njihov potencijalni utjecaj na biološke procese koji dovode do uznapredovalog DKD-a u populacijama nedavnog afričkog podrijetla.
metode
Sudionici studije
Sudionike studije regrutirala je Medicinska škola Wake Forest (WFSM; N=8052), Family Investigation of Nephropathy and Diabetes (FIND; N=926), Jackson Heart Study (JHS; N {{2) }}), Rizik od ateroskleroze u zajednici (ARIC; N=2221), Razvoj rizika od koronarne arterije kod mladih odraslih (CARDIA; N=912) i Multi-etničko istraživanje ateroskleroze (MESA; N { {6}}). Analize su odobrili lokalni institucionalni odbori za reviziju, a svi su sudionici dali pisani informirani pristanak. Za slučajeve se smatralo da imaju T2D-ESKD, uključujući tešku DKD, kada je dijabetes dijagnosticiran više od ili jednako 5 godina prije pojave ESKD-a ili s dijabetičkom retinopatijom kako bi se osiguralo odgovarajuće trajanje T2D-a, s bubrežnom nadomjesnom terapijom, procijenjenom brzinom glomerularne filtracije ( eGFR) Manje od ili jednako 30 ml/min/1,73 m2 (CKD4), ili omjer albumina i kreatinina u mokraći (UACR) Veći ili jednak 300 mg/g (makroalbuminurija). Sudionici s CKD4 ili makroalbuminurijom (N=138) uključeni su kao slučajevi s obzirom na visok rizik od razvoja ESKD-a. T2D je dijagnosticiran u skladu s kriterijima Američke dijabetičke udruge s glukozom u krvi natašte većom ili jednakom 126 mg/dl, 2-h oralnim testom tolerancije glukoze glukozom većom ili jednakom 200 mg/dl, slučajnom glukozom većom od ili jednak 200 mg/dl, korištenje lijekova za dijabetes ili liječnički dijagnosticiran dijabetes. Slučajevi s nedijabetičkim ESKD-om nisu imali dijabetes (ili su imali T2D < 5="" godina)="" na="" početku="" nadomjesne="" bubrežne="" terapije,="" a="" eskd="" je="" pripisan="" kroničnoj="" glomerularnoj="" bolesti="" (npr.="" žarišnoj="" segmentnoj="" glomerulosklerozi),="" nefropatiji="" povezanoj="" s="" hiv-om,="" hipertenziji="" ili="" nepoznatom="" uzrok.="" bolesnici="" s="" eskd-om="" pripisanim="" kirurškim="" ili="" urološkim="" uzrocima,="">bolest bubrega, autoimuna bolest, hepatitis, IgA nefropatija, membranski glomerulonefritis, membranoproliferativni glomerulonefritis ili monogenibubregbolestibili isključeni. Nedijabetičke kontrole bez nefropatije uključivale su sudionike bez dijabetesa ilibubreg bolest(eGFR veći ili jednak 60 ml/min/ 1,73 m2 i UACR < 30="" mg/g).="" ispitanici="" s="" nefropatijom="" bez="" t2d="" imali="" su="" egfr="" veći="" ili="" jednak="" 60="" ml/min/1,73="" m2="" i="" uacr="">< 30="">
Priprema uzorka, genotipizacija, imputacija i kontrola kvalitete
Sudionicima studije genotipiziran je genotip na cijelom genomu pomoću tri različite platforme: (1) 8704 uzorka regrutirana iz WFSM, ARIC, CARDIA, JHS, MESA i FIND genotipizirano je na Affymetrix Genome-wide Human single nucleotide polymorphism (SNP) niz 6.0 (Affy6.0); (2) 3133 uzorka regrutiranih iz WFSM genotipizirano je na Affymetrix Axiom Biobank Genotyping Array (Axiom); i (3) 3238 uzoraka regrutiranih iz WFSM genotipizirano je na Illumina Multi-Ethnic Genotyping Array (MEGA). Kontrola kvalitete i imputacija provedeni su odvojeno od strane svake platforme za genotipizaciju kako je opisano u nastavku.
Varijante koje su prošle kontrolu kvalitete (QC) pripisane su kombiniranoj referentnoj ploči haplotipa uključujući kozmopolitsku referentnu ploču 1000 genoma faze 3 (verzija iz listopada 2014.) [37] i verziju referentne ploče Projekta varijacije afričkog genoma (AGVP) koja uključuje 640 Haplotipove afričkog porijekla ljubazno ustupilo Afričko partnerstvo zaIstraživanje kroničnih bolestii Wellcome Trust Sanger Institute [38]. Predfaziranje je provedeno pomoću SHAPEIT2 [39], a imputacija je izvedena pomoću IMPUTE2 [40]. Provedena je kontrola kvalitete nakon imputacije kako bi se isključile varijante s neusklađenošću alela ili s velikim odstupanjem učestalosti (Veće od ili jednako 0.2) s referentnom pločom (0.2 × učestalost u EUR plus {{ 13}}.8 × učestalost u AFR) i info rezultat imputacije < 0.4.="" podskup="" uzoraka="" je="" izravno="" genotipiziran="" za="" varijante="" apol1="" g1="" i="" g2="" pomoću="" sequenoma="" (sequenom,="" san="" diego,="" ca).="" podudarnost="" je="" bila="" 95="" posto="" s="" imputiranim="">
Affy6.0 skupovi podataka
Kao što je prethodno opisano [41], 1513 T2D-ESKD slučajeva, 5299 kontrola bez nefropatije bez dijabetesa i 1892 kontrole bez nefropatije s T2D iz kohorti WFSM, FIND, JHS, ARIC, CARDIA i MESA genotipizirano je pomoću Affy6.{{ 11}} (Tablica 1). U svakoj studiji primijenjene su standardne mjere kontrole kvalitete kako bi se isključile varijante sa stopom poziva < 95="" posto,="" učestalošću="" manjih="" alela="" (maf)="">< 0.01="" ili="" pokazuju="" odstupanje="" od="" hardy-weinbergove="" ravnoteže="" (hwe).="" (p=""><0,0001). provedena="" je="" kontrola="" kvalitete="" uzoraka="" kako="" bi="" se="" isključili="" subjekti="" sa="" stopom="" poziva="">< 95="" posto,="" kontaminacijom="" dnk,="" duplikatima="" ili="" odstupanjima="" populacije.="" s="" obzirom="" na="" to="" da="" cardia,="" jhs="" i="" mesa="" nisu="" imali="" slučajeve="" s="" t2d-eskd,="" uzorci="" iz="" ovih="" studija="" kombinirani="" su="" za="" imputaciju="" i="" analizu="" povezanosti="" zajedno="" s="" wfsm,="" find="" i="">
Axiom skup podataka
Na WFSM-u, 1700 slučajeva AA s T2D-ESKD, 770 AA kontrolnih osoba bez dijabetesa ili nefropatije i 663 AA kontrolnih osoba s T2D bez nefropatije genotipizirano je na prilagođenom nizu za genotipizaciju Axiom (Tablica 2). Prethodno su objavljene detaljne informacije o varijantama, prilagođeni dizajn sadržaja, uključujući fino mapiranje regija kandidata, metode genotipizacije i QC [42]. Ukratko, ovaj niz je uključivao približno 264K varijanti kodiranja i umetanja/brisanja (indeli), 70K varijanti gubitka funkcije, 2K farmakogenomskih varijanti, 23K eQTL markera, 246K multietničkih populacijskih oznaka za cijeli genom i 115K prilagođenih markeri sadržaja. Varijante sa stopama poziva < 95="" posto,="" odstupanjem="" od="" hwe="" (p="">< 0,0001)="" i="" monomorfne="" varijante="" su="" isključene.="" ukupno="" 724="" 530="" varijanti="" uspješno="" je="" pozvano="" na="" nizvodni="" qc,="" imputaciju="" i="" analize.="" proveden="" je="" uzorak="" qc="" kako="" bi="" se="" isključili="" pojedinci="" s="" niskim="" stopama="" poziva="">< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="">
MEGA skup podataka
Na WFSM, 1910 slučaj ESKD bez dijabetesa, 219 slučajeva ESKD T2D, 201 kontrola s T2D bez nefropatije i 908 kontrola bez dijabetesa bez nefropatije genotipizirano je na MEGA nizu (tablica 2). Ovaj niz je osmišljen kako bi poboljšao fino mapiranje i funkcionalno otkrivanje povećanjem pokrivenosti varijantama više etničkih skupina. Niz uključuje (1) glavni sadržaj koji sadrži vrlo informativne varijante za GWAS i analize egzoma u populacijama predaka različitih i (2) prilagođeni sadržaj koji se koristi za repliciranje ili generaliziranje indeksnih GWAS asocijacija, povećanje varijanti GWAS označavanja u prioritetnim regijama, poboljšanje sadržaja egzoma u prioritetnim regijama , fino mapirati GWAS lokuse, identificirati funkcionalne regulacijske varijante, istražiti medicinski važne varijante i identificirati nove varijante lokusa u mogućim putovima [43]. Genotipizacija je obavljena na WFSM. DNK iz slučajeva i kontrola jednako je isprepletena na 96-pločama s jažicama kako bi se minimizirale artefaktičke pogreške tijekom obrade uzorka. Ukupno 48 uzoraka sekvenciranih kao dio Projekta 1000 genoma [44] na Institutu za medicinska istraživanja Coriell uključeni su u genotipizaciju i imali su stopu podudarnosti od 98,57 posto. Određivanje genotipa provedeno je pomoću Genome Studio (Illumina, CA, SAD). Varijante s nedostajućim položajem, nedostajućim alelom, nepodudaranjem alela, stopama poziva < 95="" posto,="" odstupanjem="" od="" hwe="" (p="">< 0,0001),="" frekvencijskom="" razlikom=""> 0,2 u usporedbi s referentnom pločom faze 3 Projekta 1000 genoma i monomorfne varijante su uklonjene. Uspoređeno je više skupova sondi, a zadržana je samo ona s najvećom stopom poziva. Ukupno 1.705.970 varijanti uspješno je pozvano na nizvodni QC, imputaciju i analize. Proveden je uzorak QC kako bi se isključili pojedinci s niskom stopom poziva (< 95%),="" gender="" discordance,="" dna="" contamination,="" duplication,="" or="" population="" outliers.="" dna="" swapping="" was="" identified="" and="">
Statistička analiza
Faza otkrića
Koristili smo dizajn studije u više faza kako bismo identificirali varijante povezane s T2D-ESKD i njihovu potencijalnu ulogu u ESKD-u svih uzroka. U fazi otkrivanja uključena su 3432 T2D-ESKD slučaja i 6977 nedijabetičkih kontrola bez nefropatije iz sva tri skupa podataka (slika 1). Analiza povezanosti provedena je za svaki skup podataka pomoću metode logističkog mješovitog modela implementirane u programu GMMAT [45] pod aditivnim genetskim modelom. Ova metoda kontrolira strukturu populacije i kriptičnu povezanost uključivanjem matrice genetskog odnosa (GRM) procijenjene iz skupa visokokvalitetnih autosomnih varijanti kao nasumični učinak. Analiza glavnih komponenti provedena je pomoću EIGENSOFT-a [46] za svaku platformu za genotipizaciju. Prvi svojstveni vektor (PC1) zajedno s dobi i spolom korišten je kao kovarijata. Provedena je meta-analiza u tri skupa podataka korištenjem metode ponderiranja inverzne varijance s fiksnim učinkom implementirane u METAL [47]. Sugestivne povezanosti za T2D-ESKD s P < 1="" ×="" 10-5,="" manjim="" brojem="" alela="" (mac)=""> 400 i heterogenošću I2 < 80="" odabrane="" su="" za="" analizu="">
Faza diskriminacije
Kako bi se utvrdilo jesu li navodni lokusi povezani s T2D-ESKD-om u fazi otkrivanja potaknuti povezanosti s T2D-om per se, meta-analiza koja je kombinirala 2756 AA s nefropatijom bez T2D-a i 6977 kontrola bez nefropatije bez dijabetesa iz tri skupa podataka (Affy6 0, Axiom i MEGA) je izvedena (faza 3, slika 1). Varijante koje pokazuju nominalnu povezanost (P < 0.05)="" s="" t2d-om="" isključene="" su="" kako="" bi="" se="" uklonile="" varijante="" povezane="" s="">
Proširena analiza nedijabetičkog ESKD-a i meta-analiza ESKD-a svih uzroka
Genetske varijante koje pokazuju sugestivnu povezanost s T2D-ESKD (P < 1 × 10-5), ali nisu povezane s T2D ispitane su u kohorti ESKD-a bez dijabetesa uključujući 1910 slučajeva ESKD-a bez dijabetesa i 908 kontrolnih osoba bez dijabetičara bez nefropatije Skup podataka WFSM-MEGA za povezanost s nedijabetičkim etiologijamabolest bubrega(faza 4). Varijante koje pokazuju nominalnu povezanost (P < 0.05)="" testirane="" su="" u="" meta-analizi="" eskd-a="" svih="" uzroka="" koristeći="" sve="" t2d-eskd,="" eskd="" bez="" dijabetesa="" i="" kontrole="" iz="" tri="" skupa="" podataka="" (="" n="12,319," affy6.0,="" aksiom,="" mega)="" (sl.="" 1).="" ova="" meta-analiza="" procijenila="" je="" jesu="" li="" povezanost="" t2d-eskd-a="" pridonijela="" riziku="" od="" svih="" uzroka="" eskd-a.="" također="" smo="" potražili="" naše="" najbolje="" varijante="" povezane="" s="" bolešću="" bubrega="" za="" navodnu="" povezanost="" s="" t2d="" u="" aa="" iz="" konzorcija="" media="" (n="15,043" slučaja="" i="" 22,318="" kontrola);="" snp-ovi="" s="" p=""><0,05 nakon="" višestrukih="" ispravaka="" usporedbe="" su="">
Isključenje nositelja rizičnog genotipa APOL1
Aleli APOL1 G1 i G2 doprinose riziku zanedijabetička bolest bubrega[6, 48]. Kako bi se pogrešna klasifikacija T2D-ESKD svela na najmanju moguću mjeru, provedena je druga analiza koja je isključila nositelje APOL1 dvije renalne rizične varijante i one kojima nedostaju genotipovi APOL1 iz slučajeva T2D ESKD i nedijabetičkih kontrola bez nefropatije (APOL1-negativni model ). Ova je analiza smanjila heterogenost populacije unatoč smanjenju veličine uzorka i manjoj statističkoj snazi. Konkretno, 308 slučajeva T2D-ESKD i 630 kontrola iz skupova podataka Affy6.0, 323 slučaja T2D-ESKD i 113 kontrola iz skupa podataka Axiom, te 33 slučaja T2D-ESKD i 175 kontrola iz skupa podataka MEGA su uklonjeni. Osim toga, uklonili smo 891 od 1910 ESKD slučajeva za sve slučajeve. Ova analiza može razotkriti učinke drugih nedijabetičkih ESKD lokusa izvan APOL1. Pojedinci su smatrani nositeljima varijante bubrežnog rizika APOL1 ako su nosili dva G1 alela (rs60910145 G alel, rs73885319 G alel), dva G2 alela (rs143830837, delecija 6 parova baza unutar okvira) ili su bili složeni heterozigoti (jedan G1 i jedan G2 alel) [6].
Funkcionalna karakterizacija
Zamjene varijanti povezanih s T2D-ESKD-om značajnih za cijeli genom (r2 Veći ili jednak 0.7 u 1000 genoma AFR populacije) iz osnovnih i APOL1-negativnih modela odabrani su pomoću LDlink [49 ]. Vodeće varijante i zamjene zatim su upitane za funkcionalne bilješke iz HaploRega [50], koje su uključivale stanje kromatina i bilješke vezanja proteina iz Roadmap Epigenomics [51] i ENCODE projekata [52], očuvanje sekvenci kod sisavaca, učinak varijanti na regulatorne motivi i ekspresija gena iz QTL studija.
Cistanche deserticola sprječava bolesti bubrega, kliknite ovdje za uzorak
Reference
1. Sustav podataka o bubrezima Sjedinjenih Država. Godišnje izvješće USRDS-a za 2016.: Epidemiologija bolesti bubrega u Sjedinjenim Državama. Nacionalni institut za zdravlje, Nacionalni institut za dijabetes i probavne i bubrežne bolesti, Bethesda, MD, 2016.
2. de Boer IH, Rue TC, Hall YN, et al. Vremenski trendovi u prevalenciji dijabetičke bolesti bubrega u Sjedinjenim Državama. JAMA. 2011;305:2532-9.
3. Spray BJ, Atassi NG, Tuttle AB, et al. Obiteljski rizik, dob početka bolesti i uzrok završnog stadija bubrežne bolesti u bijelih Amerikanaca. J Am Soc Nephrol. 1995; 5: 1806–10.
4. Freedman BI, Tuttle AB, Spray BJ. Obiteljska predispozicija za nefropatiju u Afroamerikanaca s dijabetesom melitusom neovisnim o inzulinu. Am J Kidney Dis. 1995;25:710-3.
5. Tzur S, Rosset S, Shemer R, et al. Missense mutacije u APOL1. Hum Genet. 2010;128:345-50.
6. Genovese G, Friedman DJ, Ross MD, et al. Povezanost tripanolitičkih varijanti ApoL1 s bolešću bubrega u Afroamerikanaca. Znanost. 2010;329:841-5.
7. Kopp JB, Nelson GW, Sampath K, et al. Genetske varijante APOL1 u žarišnoj segmentnoj glomerulosklerozi i nefropatiji povezanoj s HIV-om. JASON. 2011.; 22:2129-37.
8. Kottgen A, Pattaro C, Boger CA, et al. Više novih lokusa povezanih s funkcijom bubrega i kroničnom bubrežnom bolešću: konzorcij CKDGen. Nat Genet. 2010;42:376-84.
9. Pattaro C, Kottgen A, Teumer A, et al. Povezanost na cijelom genomu i funkcionalno praćenje otkrivaju nove lokuse za funkciju bubrega. PLoS Genet; 8. Epub prije tiskanja u ožujku 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002584.
10. Pattaro C, Teumer A, Gorski M, et al. Genetske povezanosti na 53 lokusa ističu tipove stanica i biološke putove relevantne za funkciju bubrega. Nat Commun. 2016;7:10023.
11. Tin A, Colantuoni E, Boerwinkle E, et al. Korištenje višestrukih mjera za kvantitativne analize povezanosti svojstava: primjena na procijenjenu brzinu glomerularne filtracije (eGFR). J Hum Genet. 2013;58:461–6.
12. Maeda S. Genomska potraga za genom osjetljivosti na dijabetičku nefropatiju pomoću SNP-a temeljenog na genima. Diabetes Res Clin Pract. 2004;66:S45–7.
13. Pezzolesi MG, Poznik GD, Mychaleckyj JC, et al. Skeniranje genomske povezanosti gena osjetljivosti na dijabetičku nefropatiju kod dijabetesa tipa 1. Dijabetes. 2009;58:1403–10.
14. McDonough CW, Palmer ND, Hicks PJ, et al. Studija genomske povezanosti gena dijabetičke nefropatije u Afroamerikanaca. Kidney Int. 2011;79:563-72.
15. Sandholm N, Salem RM, McKnight AJ, et al. Novi lokusi osjetljivosti povezani s bolešću bubrega kod dijabetesa tipa 1. PLoS Genet. 8. Epub prije tiskanja rujan 2012. https://doi.org/10.1371/journal.pgen. 1002921.
16. Sandholm N, Zuydam NV, Ahlqvist E, et al. Genetski krajolik bubrežnih komplikacija kod dijabetesa tipa 1. JASN. 2017;28:557–74.
17. Iyengar SK, Sedor JR, Freedman BI, et al. Genomska povezanost i transetnička meta-analiza za uznapredovalu dijabetičku bubrežnu bolest: obiteljsko istraživanje nefropatije i dijabetesa (FIND). PLoS Genet. 2015;11:e1005352.
18. Mahajan A, Rodan AR, Le TH, et al. Transetničko fino mapiranje ističe gene za rad bubrega povezane s osjetljivošću na sol. Am J Hum Genet. 2016;99:636-46.
19. Tayo BO, Kramer H, Salako BL, et al. Genetske varijacije u genima APOL1 i MYH9 povezane su s kroničnom bolešću bubrega među Nigerijcima. Int Urol Nephrol. 2013;45:485–94.
20. Palmer ND, McDonough CW, Hicks PJ, et al. Traženje genomske povezanosti gena za dijabetes tipa 2 kod Afroamerikanaca. PLoS jedan. 2012.; 7:e29202.
21. Zhang P, Chen Y, Cheng Y, et al. Alkalna sfingomijelinaza (NPP7) potiče apsorpciju kolesterola utječući na razine sfingomijelina u crijevima: studija s NPP7 nokaut miševima. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 2014;306:G903–8.
22. Chang YH, Chang DM, Lin KC, et al. Kolesterol lipoproteina visoke gustoće i rizik od nefropatije u bolesnika s dijabetesom tipa 2. Nutr Metab Cardiovasc Dis. 2013;23:751–7.
23. Williams AN, Conway BN. Učinak lipoproteinskog kolesterola visoke gustoće na odnos serumskog željeza i hemoglobina s funkcijom bubrega kod dijabetesa. J Diabetes Complicat Epub prije tiskanja 29. ožujka 2017.
24. Ceriello A, De Cosmo S, Rossi MC, et al. Varijabilnost HbA1c, krvnog tlaka, parametara lipida i serumske mokraćne kiseline te rizik od razvoja kronične bubrežne bolesti kod dijabetesa tipa 2. Diabetes Obes Metab Epub prije tiska 21. travnja 2017.
25. Schwindinger WF, Betz KS, Giger KE, et al. Gubitak G proteina gama 7 mijenja ponašanje i smanjuje strijatalnu alfa(olf) razinu i proizvodnju cAMP-a. J Biol Chem. 2003;278:6575-9.
26. Ohta M, Mimori K, Fukuyoshi Y, et al. Klinički značaj smanjene ekspresije G proteina gama 7 (GNG7) u raku jednjaka. Br J Rak. 2008;98:410–7.
27. Demokan S, Chuang AY, Chang X, et al. Identifikacija proteina koji veže guanin nukleotid -7 kao epigenetski utišanog gena kod raka glave i vrata profiliranjem ekspresije gena. Int J Oncol. 2013;42:1427-36.
28. Chu AY, Deng X, Fisher VA, et al. Meta-analiza ektopičnih depoa masti na cijelom genomu identificira lokuse povezane s razvojem i diferencijacijom adipocita. Nat Genet. 2017;49:125-30.
29. Zoppini G, Targher G, Chonchol M, et al. Prediktori procijenjenog pada GFR u bolesnika s dijabetesom tipa 2 i očuvanom funkcijom bubrega. CJASN. 2012;7:401–8.
30. Bowden DW, Colicigno CJ, Langefeld CD, et al. Skeniranje genoma za dijabetičku nefropatiju u Afroamerikanaca. Kidney Int. 2004;66:1517–26.
31. Freedman BI, Bowden DW, Rich SS, et al. Skeniranje genoma za krajnji stadij bubrežne bolesti svih uzroka u Afroamerikanaca. Nephrol Dial transplantacija. 2005;20:712-8.
32. Hicks PJ, Staten JL, Palmer ND, et al. Analiza povezanosti gena za efrin-B2 u Afroamerikanaca sa završnom fazom bubrežne bolesti. Am J Nephrol. 2008;28:914-20.
33. Takahashi T, Takahashi K, Gerety S, et al. Vremenski kompartmentalizirana ekspresija efrina-B2 tijekom razvoja bubrežnog glomerula. JASN. 2001.; 12: 2673-82.
34. Kida Y, Ieronimakis N, Schrimpf C, et al. Reverzna signalizacija EphrinB2 štiti od prorjeđivanja kapilara i fibroze nakon ozljede bubrega. J Am Soc Nephrol. 2013;24:559–72.
35. Hashimoto T, Karasawa T, Saito A, et al. Ephrin-B1 lokalizira se na dijafragmi proreza glomerularnog podocita. Kidney Int. 2007;72:954-64.
36. Andres AC, Munarini N, Đonov V, et al. Transgeni miševi receptora EphB4 tirozin kinaze razvijaju glomerulopatije koje podsjećaju na glomerularne vaskularne shuntove. Mech Dev. 2003;120:511-6.
37. Konzorcij projekta 1000 genoma. Globalna referenca za ljudske genetske varijacije. Priroda. 2015;526:68–74.
38. Gurdasani D, Carstensen T, Tekola-Ayele F, et al. Projekt varijacije afričkog genoma oblikuje medicinsku genetiku u Africi. Priroda. 2015;517:327-32.
39. Delaneau O, Marchini J, Zagury JF. Linearna metoda određivanja faza složenosti za tisuće genoma. Nat metode. 2011;9:179-81.
40. Marchini J, Howie B, Myers S, et al. Nova metoda s više točaka za studije asocijacija na cijelom genomu imputacijom genotipova. Nat Genet. 2007;39:906-13.
41. Ng MCY, Saxena R, Li J, et al. Prenosivost i fino mapiranje lokusa dijabetesa tipa 2 u Afroamerikanaca: Studija Candidate Gene Association Resource Plus. Dijabetes. 2013;62:965-76.
42. Guan M, Ma J, Keaton JM, et al. Povezanost varijanti gena povezanih s strukturom bubrega i krajnjeg stadija bubrežne bolesti koja se pripisuje dijabetesu tipa 2 u Afroamerikanaca. Hum Genet. 2016;135:1251-62.
43. Bien SA, Wojcik GL, Zubair N, et al. Strategije za obogaćivanje pokrivenosti varijantama u kandidatskim lokusima bolesti na multietničkom genotipskom nizu. PLoS jedan. 2016;11:e0167758.
44. Konzorcij projekta 1000 genoma. Karta varijacija ljudskog genoma iz sekvenciranja na razini populacije. Priroda. 2010;467:1061-73.
45. Chen H, Wang C, Conomos MP, et al. kontrola strukture populacije i povezanosti binarnih svojstava u studijama genetske povezanosti putem logističkih mješovitih modela. Am J Hum Genet. 2016;98:653–66.
46. Patterson N, Price AL, Reich D. Struktura stanovništva i svojstvena analiza. PLoS Genet. 2006;2:e190.
47. Willer CJ, Li Y, Abecasis GR. METAL: brza i učinkovita meta-analiza skeniranja genomskih asocijacija. Bioinformatika. 2010;26:2190–1.
48. Freedman BI, Langefeld CD, Lu L, et al. Diferencijalni učinci varijanti rizika MYH9 i APOL1 na povezanost FRMD3 s dijabetičkim ESRD-om u Afroamerikanaca. PLoS Genet. 2011;7:e1002150.
49. Machiela MJ, Chanock SJ. LDlink: web-bazirana aplikacija za istraživanje strukture haplotipa specifične za populaciju i povezivanje koreliranih alela mogućih funkcionalnih varijanti. Bioinformatika. 2015;31:3555–7.
50. Ward LD, Kellis M. HaploReg: resurs za istraživanje stanja kromatina, očuvanja i promjena regulatornih motiva unutar skupova genetski povezanih varijanti. Nucleic Acids Res. 2012;40:D930–4.
51. Roadmap Epigenomics Consortium. Kundaje a, Meuleman W, et al. integrativna analiza 111 referentnih ljudskih epigenoma. Priroda. 2015;518:317-30.
52. Konzorcij projekta ENCODE. Integrirana enciklopedija DNA elemenata u ljudskom genomu. Priroda. 2012;489:57–74.