Istraživanje vrsta Cistanche

Najibeh Ataeia,b, Gerald M. Schneeweissc,⁎, Miguel Angel Garcíad,e,1, Michael Kruger, Marcus Lehnerta, Jafar Valizadehf, Dietmar Quandta,⁎

a Nees Institute for Biodiversity of Plants, Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Meckenheimer Allee 170, 53115 Bonn, Njemačka

b Glavna uprava za institut za poljoprivredna istraživanja Afganistana (ARIA), Ministarstvo poljoprivrede, navodnjavanja i stočarstva, Badam Bagh, Kabul, Afganistan

c Odjel za botaniku i istraživanje bioraznolikosti, Sveučilište u Beču, Rennweg 14, A-1030 Beč, Austrija

d Odjel za biologiju, Sveučilište Toronto u Mississaugi, 3359 Mississauga, Kanada

e Real Jardín Botánico, CSIC, Plaza de Murillo 2, 28014 Madrid, Španjolska f Odjel za biologiju, Sveučilište Sistan i Baluchistan, Zahedan, Iran

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Sažetak

Filogenetski odnosi između i unutar nefotosintetskih parazitskih loza notorno su slabo poznati, što negativno utječe na naše razumijevanje parazitskih biljaka. Ovo također vrijedi zaCistanche(Orobanchaceae), rod Starog svijeta s dvadesetak vrsta, čiji odnosi još nisu obrađeni pomoću molekularno filogenetskih pristupa. Ovdje zaključujemo o filogenetskim odnosima unutar roda, koristeći taksonomski i geografski široki uzorak koji pokriva sve prethodno istaknute infrageneričke skupine i većinu trenutno priznatih vrsta. Kombinirana matrica od tri plastidna markera (trnL-trnF, uključujući trnL intron i intergenski razmaknicu (IGS), trnS-trnfM IGS i psbA-trnH IGS) i jednog nuklearnog markera (ITS) analizirana je korištenjem maksimalne štedljivosti, maksimalne vjerojatnosti , i Bayesov zaključak.Cistanchedijeli se na četiri dobro podržana i geografski diferencirana klasa: istočnoazijski klad, sjeverozapadnoafrički klad, jugozapadno azijski klad i široko rasprostranjeni klad. Od njih, samo istočnoazijska klada odgovara prethodno priznatom taksonomskom odsjeku, dok ostale ili sadrže članove dva ili tri odjeljka (Široko rasprostranjena klada i jugozapadnoazijska klada, respektivno) ili do sada nisu taksonomski prepoznate (klada sjeverozapadne Afrike) . Dok jugozapadnoazijski klad pokazuje snažnu filogenetsku strukturu između i djelomično unutar vrsta (istočnoazijski klad i sjeverozapadno afrički klad su monospecifični), filogenetska rezolucija unutar Rasprostranjenog klada često je niska i ometena razlikama između nuklearnih i plastidnih markera. I molekularni i morfološki podaci pokazuju da je raznolikost vrsta u Cistanche trenutno podcijenjena.

Ključne riječi:CistancheDomaćin, Orobanchaceae, parazit, filogenija, sistematika, taksonomija

Cistanche herba ekstrakt u prahu iz Chengdu Wecistanche

1. Uvod

Orobanchaceae su izvrstan modelni sustav za proučavanje evolucije parazitizma u biljkama i temeljnih fenotipskih i genetskih modifikacija (Westwood i sur., 2010., Wickett i sur., 2011.). Oni su također primjer kako su molekularni podaci uspješno poboljšali naše razumijevanje filogenetskih odnosa. Na temelju molekularnih studija, obiteljski okvir se znatno promijenio, a međugenerički odnosi su modificirani (Wolfe i sur., 2005; Bennett i Mathews, 2006; Park i sur., 2008; McNeal i sur., 2013; Fu i sur., 2017; Li i sur., 2019). Najširu i najopsežniju filogenetsku analizu Orobanchaceae do danas napravili su McNeal et al. (2013.), koji su koristili kombinirani skup podataka od pet markera (nuklearni: ITS, PHYA, PHYB; plastidni: matK i rps2) koji obuhvaćaju više od 50 rodova obitelji. Unatoč ovom napretku, mnogi rodovi nisu uključeni u molekularne studije i ostaju neuvršteni (Schneeweiss, 2013). Dodatno, filogenetski odnosi unutar rodova, posebno u taksonomski teškim nefotosintetskim parazitskim skupinama, i dalje su slabo istraženi.

Skupina kojoj je potrebno temeljitije filogenetsko istraživanje je nefotosintetski korijenski parazitski rodCistanche. To je potencijalno koristan objekt za proučavanje evolucije velikih genoma (mnogo veći kromosomi i odgovarajuće mnogo veća veličina genoma nego u blisko povezanim linijama: Schneeweiss et al., 2004b; Weiss-Schneeweiss et al., 2006; Wicke, 2013), reduktivnu evoluciju genoma plastida (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016; Liu et al., 2020), ili raznolikost vrsta i biogeografiju u sušnim regijama, no bilo koji od ovih istraživačkih puteva trenutno je ometen lošim razumijevanje odnosa vrsta zbog nedostatka temeljitih filogenetskih podataka. Nekoliko studija koje uključuju Cistanche usredotočeno je na evoluciju genoma plastida (Li et al., 2013; Wicke et al., 2013, 2016) ili odnose vrsta koje se koriste u tradicionalnoj kineskoj medicini (Tomari et al., 2002, 2003 ; Han i sur., 2010.; Sun i sur., 2012.; Zheng i sur., 2014.), te su taksonomski vrlo ograničeni. Isto tako, filogenetske studije usmjerene na obiteljsku razinu ili usmjerene na srodne rodove, kao što je Orobanche, uključuju samo jednog ili nekoliko predstavnikaCistanche(Young i sur., 1999; Schneeweiss i sur., 2004a; Wolfe i sur., 2005; Park i sur., 2008; McNeal i sur., 2013; Schneeweiss, 2013; Li i sur., 2017, 2019). Njihovi rezultati to pokazujuCistancheblisko je povezan s drugim nefotosintetskim parazitskim rodovima, kao što su Orobanche, Phelipanche, Conopholis ili Epifagus (klada III McNeal et al., 2013; klada Orobanche-Phelipanche od Schneeweiss, 2013), ali nije utvrđeno njegovo precizno filogenetsko mjesto potpuno ustaljena (Schneeweiss, 2013).

Najnovija monografija cijelog roda je Beck-Mannagetta (1930). Na temelju oblika čaške i broja brakteola razlikovao je četiri odjeljka: (i) C. sect.Cistanchelas jednom vrstom C. ridgewayana; (ii) C. sekta. Tvar s jednom vrstomCistancheSinensis; (iii) C. sekta. Heterocalyx, s tri vrste (C. fissa, C. ambigua i C. rosea); (iv) C. sekta.Cistanche(nomenklaturno netočno nazvana sekta. Eucistanche od Becka Mannagetta, 1930.) sadrži preostalih 12 vrsta. Kasniji taksonomski tretmani, obično u kontekstu nacionalnih flora, dodaju nekoliko novih vrsta i djelomično modificiraju granice često morfološki promjenjivih i stoga taksonomski složenih vrsta koje je već prepoznao BeckMannagetta (1930.), tako da je trenutno prihvaćeno oko 26 vrsta (The Plant List, http://www.theplantlist.org, procijenjeno 6. prosinca 2017.). Rod je široko rasprostranjen u sušnim regijama Starog svijeta od Makaronezijskih otoka i zapadne Afrike do središnje i istočne Azije, sa središtem najveće raznolikosti vrsta u jugozapadnoj Aziji i na Bliskom istoku (Beck-Mannagetta, 1930.). Poput drugih nefotosintetskih rodova Orobanchaceae, Cistanche karakterizira morfološka redukcija, posebice vegetativnih svojstava (Rodrigues et al., 2011.; Schneeweiss, 2013.), tako da je većina dijagnostičkih svojstava iz cvata i cvjetova (oblik i indumentum cvjetnih listova). brakteje i brakteole, građa i indumentum čaške, boja cvijeta, oblik i indumentum antere), od kojih su neke slabo sačuvane na herbarskim primjercima. Nedostatak sveobuhvatne taksonomske obrade koja bi obuhvatila sve trenutačno priznate vrste, slaba zastupljenost u zbirkama, osobito iz manje istraženih područja, te nedostatak taksonomski korisnih morfoloških obilježja pridonose nedovoljno poznatoj i nekonsolidiranoj taksonomijiCistanchevrsta.

U ovoj studiji uspostavljamo unutarnje filogenetske odnoseCistanchekao osnova za filogenetski prediktivni taksonomski sustav. U tu svrhu prikupljamo podatke o sekvencama iz brzo evoluirajućih i dobro uspostavljenih markera plastida kao i nuklearnih ITS sekvenci iz taksonomski i zemljopisno sveobuhvatnog uzorkovanja i analiziramo one koristeći metode maksimalne štedljivosti, maksimalne vjerojatnosti i Bayesove metode. Konkretno, želimo (i) testirati hipoteze o odnosima koje implicira klasifikacija Beck-Mannagetta (1930.), tj. čine li njegovi odjeljci monofiletske skupine, i (ii) testirati jesu li morfološki i taksonomski složene vrste poput C. phelypaea i C. tubulosa čine prirodne skupine.

2. Materijali i metode

2.1. Biljni materijal

Uključeno je sto osamdeset i devet uzoraka (novosakupljenih, herbarijskog materijala ili sekvenci iz GenBank), što odgovara 17 prethodno identificiranihCistanchevrsta plus sedam taksona izvan skupine (jedan pristup Conopholis Americana, Phelipanche cf. Iberica, dva primjerka Orobanche cernua, po jedan O. anatolica, O. densiflora i O. Transcaucasia). Uzorak odCistancheusmjeren na široku geografsku pokrivenost za svaku vrstu u rodu. Identifikacija vrste temeljila se na taksonomiji korištenoj u monografskim obradama i florama (Beck Mannagetta, 1930; Zhang i Tzvelev, 1998), označavajući morfološki odstupajuće tipove kao affinis vrste ("aff. ime vrste") ili, gdje je opis nove predviđena je podvrsta (u pripremi je taksonomska obrada cijelog roda), kao "subsp. nov."; za uzorke iz GenBank-a, za koje nismo mogli provjeriti herbarijske bonove, zadržana je taksonomska oznaka koju su koristili izvorni autori. Svojte izvan grupe odabrane su u skladu s našim trenutnim znanjem o odnosima unutar Orobanchaceae (Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013; Schneeweiss, 2013). Informacije o lokaciji i vaučeru, uključujući pristupne brojeve GenBank-a, dane su u Dodatnoj tablici S1.

2.2. Izolacija DNA i sekvenciranje

Ekstrakcija genomske DNA iz novosakupljenog tkiva vjenčića osušenog na silikagelu slijedila je CTAB-protokol (Doyle i Doyle, 1987.). Većina herbarskog materijala izolirana je pomoću DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Njemačka) ili NucleoSpin Plant II (Macherey-Nagel, Düren, Njemačka). Približno 50 mg osušenog materijala je homogenizirano pomoću mlina s miješalicom (Retsch MM200, Haan, Njemačka) na 30 Hz tijekom 3 minute nakon čega je uslijedila inkubacija u puferu za ekstrakciju od 700 ul najmanje jedan sat na 65 stupnjeva. Nakon toga, korišten je CTABprotocol ili protokoli koje su dostavili proizvođači kompleta.

Genomska DNK pohranjena je na -80 stupnjeva, a razrjeđenja su korištena za kasnije umnožavanje. Tri plastidna markera (trnL-F, uključujući trnL intron i intergenski razmaknicu (IGS), trnS-FM IGS i psbA-trnH IGS), smještena u velikoj regiji jedne kopije (LSC) plastidnog genoma, i jezgri unutarnji transkribirani razmaknici (ITS1 i ITS2 plus intervenirajući gen 5.8S rDNA) odabrani su za filogenetske zaključke. Više puta se pokazalo da su plastidni markeri prikladni za filogenetske studije na razini vrste (Borsch i Quandt, 2009.). Osim toga, psbA-trnH već je korišten za DNK barkodiranje kineskog jezikaCistanchetaksona (Han i sur., 2010.; Sun i sur., 2012.; Zheng i sur., 2014.). Nuklearna ITS regija odabrana je kao tehnički lako prihvatljiv nuklearni marker koji je unatoč nekoliko potencijalnih problema (Álvarez i Wendel, 2003.) uspješno primijenjen u brojnim filogenetskim studijama s fokusom na odnose vrsta (Baldwin et al., 1995.; Álvarez i Wendel , 2003; Bailey et al., 2003) uključujući Orobanche i srodne rodove (npr. Schneeweiss et al., 2004a; McNeal et al., 2013). Nadalje, ITS2 se također koristi za DNK barkodiranjeCistanche(Han i sur., 2010; Sun i sur., 2012; Zheng i sur., 2014; Wang i sur., 2018). TrnL-F regija je pojačana upotrebom početnica C i F (Taberlet et al. 1991). U nekim slučajevima, kao što je za stari i navodno degradirani materijal, regija je pojačana u dva odvojena fragmenta, tj. korištenjem para primera C i D (Taberlet et al., 1991.) i para primera trnL460F (Worberg et al., 2007.) i F (Taberlet i sur., 1991.). TrnS-trnfM IGS pojačan je pomoću trnS(UAG)-pF1 (5′- ACTATACCGGTTTTCAAGGCCG-3′) i trnfM(CAU)-pR1 (5′-TAG AGC AGTTTGGTAGCTCGCA-3′; S. Wicke , Münster, pers. comm.), psbAtrnH IGS koristeći početnice Kress et al. (2005). PCR profil za plastidne markere uključivao je početni korak denaturacije od 5 minuta na 94 stupnja, nakon čega je slijedilo 30 ciklusa od kojih je svaki trajao 1 minutu na 94 stupnja, 1 minutu na 55 stupnjeva, 90 s na 72 stupnja i završni korak elongacije od 7 stupnjeva. min na 72 stupnja. ITS regija je pojačana korištenjem početnica ITS4 i ITS5 (White et al., 1990) s profilom amplifikacije od 5 minuta na 94 stupnja nakon čega je slijedilo 40 ciklusa svaki s 1 minutom na 94 stupnja, 1 minutom na 48 stupnjeva s vremenom- povećanje od plus 4 s po ciklusu, 45 s na 68 stupnjeva i završni korak produženja od 7 minuta na 68 stupnjeva. Neuspješni PCR-ovi ponovljeni su korištenjem internih početnica 5.8S106-R (5′- AGGCGCA ACTTGCGTTCAAA -3′) i 5.8S32-F (5′-GCATCGATGAAGAACGT AGC-3′; D. l. Nickrent, Sveučilište Southern Illinois, SAD, osobno priopćenje) u kombinaciji s odgovarajućim vanjskim početnicama ITS5 i ITS4. PCR reakcije izvedene su u volumenu od 25 ul i uključivale su 1,5 UGoTaq Flexi DNA polimerazu (Promega, Madison, SAD), 0-0,2 M betain monohidrata, 0,4 µM svakog prednjeg i obrnutog početnica, 0,15 mM dNTP (Carl Roth, Karlsruhe, Njemačka), 1 mM MgCl2 u 1xGoTaq Flexi puferu, 1 ul genomske DNA nepoznate koncentracije i voda. Za neke vrlo degradirane materijale herbarija korištene su Ready-To-Go PCRBeads (Amersham-Pharmacia Biotech, Amersham, UK) prema uputama proizvođača. Kao što se obično zahtijeva za DNA-izolate herbarskog materijala, dodani su PCR aditivi kao što je 1 ul PVP-40(10-40 posto) i/ili 5 ul otopine pojačivača P (5×; PeqLab, Erlangen, Njemačka). reakcije na račun vode. Produkti amplifikacije pročišćeni su gelom na 1 postotnom agaroznom gelu korištenjem kompleta za pročišćavanje PeqLab PCR (Peqlab) ili pribora za brzo pročišćavanje PCR (Qiagen). Za ugniježđene ITS-PCR produkte od < 300="" bp="" (amplifikacija="" iz="" herbarijskog="" materijala,="" koji="" je="" često="" kontaminiran="" gljivicama),="" odabrana="" je="" viša="" koncentracija="" gela="" (1,4="" posto)="" i="" duža="" vremena="" izvođenja.="" očišćene="" pcr="" produkte="" sekvencirao="" je="" macrogen="" (seoul,="" koreja)="" s="" početnicama="" za="" pojačanje="" i="" gore="" spomenutim="" dodatnim="" unutarnjim="" početnicama,="" gdje="" je="" to="" bilo="">

cistanche wirkung

2.3. Usklađivanje sekvenci, indel kodiranje i filogenetske analize

Slijedovi DNK sastavljeni su i poravnati pomoću PhyDE 0.97 (Müller et al., 2006.). Slijedeći Olssona i sur. (2009), regije nesigurne homologije (mutacijske žarišta) označene su u PhyDE i uklonjene iz analiza. Inverzije su položajno izolirane u poravnanju i uključene kao reverzni komplement kao što je prethodno predloženo (Quandt et al., 2003; Borsch i Quandt; 2009). Indeli su kodirani korištenjem jednostavnog indel kodiranja (SIC; Simmons i Ochoterena, 2000.) kako je implementirano u SeqState 1.25 (Müller, 2005.) i dodani kao dodatna particija podataka. U svim matricama podataka praznine sekvenci tretirane su kao podaci koji nedostaju, a usklađene pozicije tretirane su kao jednako ponderirane.

Analize su provedene na tri skupa podataka o sekvencama koji odgovaraju ulančanim markerima plastida, ITS, i kombiniranim podacima (kombinirani markeri plastida i jezgre), svaki sa ili bez indela, što je rezultiralo s ukupno šest skupova podataka koji su analizirani. Prije kombiniranih analiza, skupovi podataka pojedinačnih markera pregledani su na nepodudarnosti među markerima zasebnom analizom svakog pojedinog lokusa u MrBayes koristeći zadane postavke (podaci nisu prikazani). Analize maksimalne štedljivosti (MP) ulančane nukleotidne matrice sa i bez dodane indel matrice izvedene su u PAUP* 4.0b10 (Swofford, 1999) korištenjem parsimony ratchet (Nixon, 1999) putem naredbenih datoteka generiranih prema PRAP2 (Müller, 2004). Korištene su sljedeće postavke čegrtanja: 200 ponavljanja s 25 posto položaja nasumično ponderiranih (težina=2) u svakom ponavljanju i 10 ciklusa nasumičnog dodavanja. Analiza maksimalne vjerojatnosti (ML) ulančane nukleotidne matrice

sa i bez priložene indel matrice, provedeni su korištenjem RAxML 8 (Stamatakis, 2014.) korištenjem GTRCAT modela. I za MP i za ML analize podrška je procijenjena putem pokretanja (Felsenstein, 1985.) korištenjem 10 000 ponavljanja. Bayesovi zaključci (BI), provedeni na svih šest skupova podataka (pojedinačni i ulančani markeri, sa i bez kodiranih indela) izvedeni su s MrBayes 3.2.2 (Huelsenbeck i Ronquist, 2001; Ronquist i Huelsenbeck, 2003) koristeći GTR plus Γ plus Modeliram za nukleotidnu particiju (dva nepovezana modela u slučaju kombiniranog skupa podataka) i model restrikcijskog mjesta (F81-like; Felsenstein, 1981.) za indel particiju sa zadanim prethodnim vrijednostima. Šest ciklusa s po 10 milijuna generacija svaki i četiri lanca svaki (jedan hladni i tri grijana lanca uz korištenje zadanog grijanja) pokrenuti su paralelno, uzorkovanje svake 1000. generacije. Prvih 25 posto odbačeno je kao burn-in, što je bilo dosta nakon što su lanci dosegli stacionarnost, kao što je identificirano u Traceru v.1.7.1 (Rambaut et al., 2018.). Stabla su uređena pomoću TreeGraph2 (Stöver i Müller, 2010.).

3. Rezultati

Karakteristike punog skupa podataka, gdje nisu uklonjene pozicije, i skupa podataka, gdje su vruće točke (za detalje o njima pogledajte dodatnu tablicu S2) uklonjene (ponavljanja mononukleotida) ili vraćene (inverzije povezane s ukosnicama), dane su u tablici 1. Većina indela u skupu podataka bila su ponavljanja susjednih fragmenata (tj. ponavljanja jednostavne sekvence [SSR]), u rasponu duljine od 2 do 20 nukleotida (podaci nisu prikazani). Dodatno, u razmaknici psbA-trnH, uočena je delecija od 1148 bp u poravnatom matriksu kod C. aff. fissa 2, što odgovara smanjenju duljine niza na 20 posto prosječne duljine.

Nismo primijetili značajne nepodudarnosti među filogenetskim odnosima izvedenim iz pojedinačnih plastidnih markera (podaci nisu prikazani), ali između ulančanih plastidnih markera i nuklearnog markera (dopunske slike S1-S2). Oni su uglavnom pronađeni u klasu uključujući, između ostalih, C. phelypaea iCistanchetubulosa (tj. Široko rasprostranjeni klad: vidi sljedeći odlomak), koji je karakteriziran ukupnom plitkom razinom divergencije (vidi filogram na slici 1). Nije bilo značajnih odstupanja između stabala izvedenih iz skupova podataka sa ili bez indela kodiranja; međutim, korištenje informacija o indelu povećalo je ukupnu topološku rezoluciju, dok je njegov utjecaj na vrijednosti podrške bio dvosmislen (Slika 1, Dodatne slike S1-S3).

Filogenetska stabla dobivena iz ML i BI temeljena na kombiniranim markerima plastida i jezgre, oba s indelima (ML log-likelihood score od −21272,719; harmonijska sredina log-likelihood rezultata iz BI od −21432,751) i bez indela (ML log-likelihood skor od −17135,239; harmonijska sredina rezultata logaritamske vjerojatnosti iz BI od −17654,075), bili su jako podudarni i dali su dobro razlučeno stablo (Sl. 1). U nastavku ćemo se usredotočiti na rezultate kombiniranih analiza, pozivajući se na analize jednog markera (ulančani plastid u odnosu na jezgru) samo u slučaju značajnih odstupanja. Identificirane kombinirane analizeCistanchekao monofiletska skupina, iako samo slabo podržana (ML 61/ < 50;="" bi="" 0.77/0.91;="" potporne="" vrijednosti="" iz="" analiza="" s="" kodiranim="" indelima/bez="" kodiranih="" indela).="" u="" mp="" analizi,="" položaj="" c.="" sinensis="" u="" odnosu="" na="">Cistanchevrsta i taksona vanjske skupine nije razjašnjeno (dodatna slika S3).Cistancherazvrstali su se u četiri glavne dobro poduprte klade (Sl. 1, dopunska slika S3), koje se od sada nazivaju Istočnoazijska Klada, Jugozapadno Azijska Klada, Sjeverozapadno Afrička Klada i Široko rasprostranjena Klada. Istočnoazijska klada, koja sadrži samo C. Sinensis (MP 100/100; ML 100/100; BI1.00/1.00) iz Kine i Mongolije, zaključena je kao sestra ostatku odCistanche(MP 100/100; ML 100/100; BI 1.00/1.00). Jugozapadnoazijska klada (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00), koja se sastoji od nekoliko vrsta od jugozapadne do središnje Azije, bila je sestra klade (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00) uključujući sjeverozapadnu Afričku kladu i Rasprostranjenu kladu. Dok je sjeverozapadni afrički klad (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00) sadržavao samo jednu vrstu ograničenu na sjeverozapadnu Afriku, široko rasprostranjeni klad (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00) uključivao je oko deset vrsta koje zajedno imaju široku rasprostranjenost od atlantskih obala Europe i Afrike do središnje Azije.

U jugozapadnoj azijskoj kladi filogenetska struktura je bila izražena (Sl. 1, Dodatna slika S3). Klada A (MP 98/100; ML 100/ 100; BI 1.00/1.00) uključivao je samo C. ambigua, koji je pao u dvije geografski odvojene podvrste, jednu (MP 79/1{{30}}; ML 75/ < 50;="" bi="" 1.00="">< 50)="" koji="" sadrži="" isključivo="" pristupe="" iz="" sjeveroistočnog="" irana,="" drugi="" (mp="" 75/51;="" ml="" 82/="">< 50;="" bi="" 1.00/0).="" 51)="" s="" nekim="" pristupima="" iz="" sjevernog="" irana="" kao="" i="" dva="" pristupa="" iz="" jugozapadnog="" afganistana.="" klada="" a="" bila="" je="" sestra="" (mp="" 70/52;="" ml="" 69/="">< 50;="" bi="" 1.00/0,93)="" c.="" ridgewayana="" iz="" afganistana.="" sljedeća="" sestrinska="" grupa="" (mp="" 98/="" 99;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1.00/1.00)="" bila="" je="" klada="" b="" (mp="" 62/68="" ;="" ml="" 75/79;="" bi="" 0.97/1.00)="" koji="" obuhvaća="" pristupe="" c.="" aff.="" ridgewayana.="" unutar="" klade="" b="" filogenetska="" struktura="" odgovarala="" je="" geografiji,="" jer="" su="" primjesci="" iz="" sjeverozapadnog="" i="" središnjeg="" irana="" (aff.="" ridgewayana="" 2)="" formirali="" podkladu="" ugniježđenu="" unutar="" stupnja="" primješaka="" iz="" uglavnom="" središnjeg="" i="" južnog="" irana="" (aff.="" ridgewayana="" 1).="" odnosi="" među="" primjesama="" c.="" ridgewayana="" sl="" (c.="" ridgewayana="" i="" c.="" aff.="" ridgewayana)="" razlikuju="" se,="" međutim,="" među="" markerima:="" dok="" je="" c.="" ridgewayana="" sl="" zaključeno="" kao="" monofiletska="" bez="" ikakve="" potkrijepljene="" unutarnje="" strukture="" prema="" its="" podacima="" (dodatna="" slika="" s2)="" ,="" zaključeno="" je="" da="" je="" parafiletičan="" prema="" podacima="" o="" plastidima="" s,="" u="" usporedbi="" s="" kombiniranom="" analizom,="" promijenjenim="" položajima="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 1="" i="" c.="" aff.="" ridgewayana="" 2.="" sljedeća="" sestrinska="" skupina="" klade="" uključuje="" c.="" ambigua="" i="" c.="" ridgewayana="" sl="" (mp="" 74/60;="" ml="" 96/93;="" bi="" 1.00/1.00)="" bila="" je="" klada="" c="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00)="" koji="" sadrži="" c.="" aff.="" fissa="" 1="" iz="" afganistana.="" sljedeće="" sestrinske="" skupine="" bile="" su="" (i)="" jednokratno="" pristupanje="" c.="" aff.="" fissa="" 2="" iz="" azerbajdžana="" (mp="" 57/100;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0,88/0,57),="" (ii)="" klas="" d="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00)="" koji="" se="" sastoji="" od="" c.="" salsa="" iz="" jugozapadne="" azije="" i="" iz="" kine="" (mp="" 100/100;="" ml="" 80/90;="" bi="" 0,99/0,99)="" i="" (iii)="" klade="" e="" (mp="" 100/100;="" ml="" 100/100;="" bi="" 1,00/1,00)="" koji="">Cistanchedeserticola iz Kine i Mongolije (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00).

Slika 2. Karakteristični oblici cvijeta i čaške za odabrane članove istočnoazijske klade (J), jugozapadne azijske klade (F–I), sjeverozapadne afričke klade (K) i rasprostranjene klade (A–E, L– M) od Cistanche. (A) C. senegalensis, (B) C. flava, (C) C. tubulosa subsp. tubulosa, (D) C. violacea, (E) C. phelypaea subsp. nov., (F) C. fissa, (G) C. salsa, (H) C. ridgewayana, (I) C. ambigua, (J) C. Sinensis, (K) C. spec. nov., (L) C. rosea, (M) C. laxiflora.

U Widespread Clade odnosi su povremeno bili dvosmisleni zbog niske razlučivosti nuklearnih podataka, kao i odstupanja između plastidnih i nuklearnih markera (dodatne slike S1-S2). Oni se nisu odnosili samo na položaj pojedinačnih pristupa (npr. C. Senegalese ED1096,Cistanchetubulosa subsp. tubulosa ED891) ali i cirkumskripcija većih podklada. Na primjer, dok su podaci o plastidu zaključili da je C. Rosea dobro podržana sestra preostalih vrsta (BI 1.00; Dodatna slika S1), nuklearni podaci sugeriraju da je član klade (BI 1. 00) uključujući sve vrste osim C. phelypaea, C. violacea i većinu primjeraka C. lutea (dodatna slika S2). Posljedično, odnosi među glavnim kladama (klade F–J) zaključeni iz kombiniranih analiza često su bili loše razjašnjeni i slabo potkrijepljeni (slika 1). Jedina iznimka bila je klada F (MP 100/100; ML 100/100; BI 1,00/1,00), koja sadrži C. rosea iz Arapski poluotok (u analizi ITS-a, odgovarajuća i samo slabo podržana klasa dodatno je uključivala pristup ED1096 C. senegalensis: Dodatna slika S2), čiji odnos sestrinske grupe prema klasu (MP 99/94; ML 98/99; PP 1,00/ 0,99) koja obuhvaća preostale vrste (klade G–J; slika 1) bila je dobro poduprta.

herba cistanches

Clade G (MP 63/99; ML 84/54; BI 1.00/ < 50)="" sadržavao="" je="" c.="" laxiflora="" iz="" irana="" i="" afganistana="" zajedno="" s="" dva="" pristupa="" c.="" tubula="" iz="" kine="" (gb1="" i="" gb2).="" unutar="" klade="" g,="" c.="" laxiflora="" bila="" je="" parafiletična,="" jer="" je="" subklada="" dvaju="" c.="" tubulosa="" dodataka="" (mp="" 98/65;="" ml="" 99/73;="" bi="" 1.00/0.77)="" grupirana="" u="" klad="" (mp="" 54/="">< 50;="" ml="" 60/91;="" bi="" 1.00/1.00)="" s="" primjesama="" c.="" laxiflora="" iz="" sjevernog="" i="" južnog="" irana,="" kao="" i="" afganistan="" (mp="" 85/="">< 50;="" ml="">< 50/50;="" bi="">< 0,50/0,74)="" uz="" isključenje="" dodataka="" c.="" laxiflora="" iz="" središnjeg="" irana="" koji="" tvore="" zaseban="" klas="" (mp="" 99/95;="" ml="" 99/95;="" bi="" 1.="">

Clade H (MP nepodržan; ML 97/50; PP 1.00/ < 50)="" sadržavao="" je="" c.="" senegalensis="" (istočna="" afrika)="" i,="" tamo="" ugniježđen,="" monofilet,="" još="" bez="" potpore,="" c.="" flava="" (jugozapadna="" azija)="" i="" podvrsta="" (mp="" 90/73;="" ml="" 86/69;="" bi="" 0,79/0.86)="" koja="" se="" sastoji="" od="" dodataka="" c.="" aff.="" tubulosa="" s="" južnog="" arapskog="" poluotoka="" (oman,="" jemen).="" dokazi="" za="" kladus="" h="" potječu="" uglavnom="" samo="" iz="" podataka="" o="" plastidima="" jer="" je="" u="" its-u="" c.="" flava="" zaključeno="" da="" je="" blisko="" povezana="" s="" c.="" laxiflora,="" a="" odnosi="" između="" c.="" senegalensis="" i="" c.="" tubulosa="" ostali="" su="" neriješeni="" (dodatna="" slika="" s2).="" u="" klasu="" h,="" ne="" samo="" da="" su="" odnosi="" između="" c.="" tubulosa="" i="" c.="" flava="" i="" c.="" senegalensis="" bili="" loše="" riješeni="" i="" slabo="" potkrijepljeni,="" nego="" i="" oni="" među="" lozama="" unutar="" c.="" senegalensis="" i="" unutar="" c.="" flava,="" jedina="" iznimka="" je="" bila="" podklada="" od="" četiri="" c.="" ..="" flava="" primjesci="" (flava="" subsp.="" nov.)="" iz="" sjevernog="" irana="" (mp="" 100/97;="" ml="" 100/99;="" bi="">

Clade I (MP nepodržan; ML 62/54; PP 1.00/ < 0.50)="" sadržavao="" je="" isključivo="" primjese="" c.="" tubulosa,="" pokrivajući="" širok="" zemljopisni="" raspon="" od="" kapverdskih="" otoka="" i="" malija="" preko="" arapskog="" poluotoka="" i="" irana="" do="" pakistana="" i="" indije.="" dokazi="" za="" klasu="" h="" također="" su="" uglavnom="" dolazili="" samo="" iz="" podataka="" o="" plastidima,="" jer="" je="" u="" its-u="" ova="" skupina="" zaključena="" kao="" parafiletska="" i="" često="" neriješena="" u="" odnosu="" na="" c.="" rosea="" (klasa="" f),="" c.laxiflora="" (klasa="" g),="" kao="" i="" c.="" senegalensis="" i="" c="" flava="" (klad="" h).="" filogenetska="" struktura="" klade="" i="" općenito="" je="" bila="" slaba="" i="" nije="" pokazivala="" jasan="" geografski="">

Klada J (MP 92/53; ML 97/87; PP 1.00/0.99) sadržavala je C. lutea sl (tj. uključujući C. lutea, C. aff. lutea 1 i C. aff. lutea 2; Makaronezijski otoci i Sredozemlje) i, tamo ugniježđene, C. Brunner (zapadna Afrika), C. phelypaea (Makaronezijski otoci, atlantska i sredozemna obalna područja Afrike i jugozapadne Europe) i C. violacea ( sjeverna Afrika).Cistanchephelypaea (MP 100/98; ML 100/ 100; BI 1.00/1.{{ 31}}0), zajedno sa stupnjem C. lutea sl (primci iz cijelog područja rasprostranjenosti ove vrste) plus dva primka C. violaceus (ED807 i ED1{{ 41}}12 iz Saudijske Arabije, odnosno Jordana) i hibrida C. aff. lutea 1 i C. violacea, klas sa slabom potporom (MP 55/-; ML 76/67; BI 0.64/ < 0.50)="" koji="" je="" bio="" sestrinski="" (mp="" 90/53;="" ml="" 97/92;="" bi="" 0,96/0,89)="" u="" kladu="" (mp="" 68/58;="" ml="" 93/82;="" bi="" 0,90/0,63)="" uključujući="" sve="" osim="" dva="" prethodno="" spomenuta="" prirasta="" c.="" violacea.="" za="" razliku="" od="" c.="" violacea,="" gdje="" geografska="" podjela="" na="" široko="" rasprostranjenu="" klasu="" (mp="" 53/70;="" ml="" 84/85;="" bi="" 0,92/0,59)="" i="" isključivo="" marokansku="" klasu="" (mp="" 92/93;="" ml="" 99/99;="" bi="" 1)="" 00/0,95),="" filogenetska="" i="" geografska="" struktura="" kod="" c.="" lutea="" sl="" i="" c.="" phelypaea="" bila="" je="" ograničena.="" preostali="" primjerci="" c.="" lutea="" (svi="" iz="" zapadne="" afrike)="" plus="" c.="" brunneri="" (uključen="" je="" samo="" jedan="" pristup)="" činili="" su="" stupanj="" u="" podnožju="" klade="" j="" zbog="" položaja="" pristupa="" c.="" lutea="" iz="" nigera="" (ed726)="" izvan="" klad="" (mp="" 94/60,="" ml="" 95/69;="" bi="" 1.00/0.99)="" formiran="" od="" ostalih="" primjesa.="" zaključak="" o="" ovom="" stupnju="" c.="" lutea="" vjerojatno="" je="" nastao="" zbog="" razlika="" između="" plastida="" i="" its="" podataka.="" konkretno,="" iz="" podataka="" o="" plastidu,="" zaključeno="" je="" da="" su="" ti="" primci="" c.="" lutea="" plus="" c.="" brunneri="" blisko="" povezani="" s="" primcima="" c.="" violacea="" i="" drugim="" primcima="" c.="" lutea="" (dopunska="" slika="" s1),="" tj.="" kao="" u="" kombiniranim="" podacima,="" dok="" su="" its="" podaci="" smjestili="" one="" ,="" u="" nerazriješenom="" položaju,="" u="" klasu="" s="" c.="" senegalensis="" i="" c.="" tubulosa="" isključujući="" ostale="" članove="" klasa="" j="" (dodatna="" slika="">

4. Rasprava

U najnovijoj monografiji rodCistanche, Beck-Mannagetta (1930) razlikuje četiri skupine (kao taksonomske sekcije) koje se razlikuju po značajkama čaške i broju brakteola. S izuzetkom monospecifične C. sect. Supstanca (istočnoazijski klad), nijedan od odjeljaka Becka Mannagette nije podržan kao monofiletski. Umjesto toga, vrste C. sect.Cistanchei C. sekta. Heterocalyx je izmiješan (u jugozapadnom azijskom kladu i široko rasprostranjenom kladu) i jedna vrsta C. sect. Cistanchela je parafiletska i ugnijezdila se u kladu jugozapadne Azije. Četvrta glavna loza (Sjeverozapadnoafrička klada), ovdje predstavljena vrstom koju tek treba opisati, a koja je morfološki bliska C. mauritanici, tradicionalno svrstanoj u C. sektu.Cistanchenije identificiran ni u jednoj od prethodnih klasifikacija

Četiri glavne loze identificirane ovdje mogu se također morfološki karakterizirati. Točnije, jedina vrsta istočnoazijske klade, C. Sinensis, jedina jeCistanchevrste s duboko urezanom četverodijelnom čaškom, dok sve ostale imaju (najmanje) pet uglavnom spojenih režnjeva čaške (sl. 2). Vrste široko rasprostranjenog klada imaju gole stabljike, brakteje i čaške, dok su one iz jugozapadne azijske i sjeverozapadne afričke klade barem djelomično dlakave (vlanaste ili lanuginozne u odnosu na arahnoidno-lanuginozne, redom) (Slika 2). Konačno, članovi klade sjeverozapadne Afrike imaju gusto arahnoidno-lanuginozni indumentum i široko romboidne brakteje koje nema u kladu jugozapadne Azije (slika 2). Prethodno naglašene osobine, tj. broj brakteola (jedan ili nijedan u C. sect.Cistanchelanaspram dva u svim ostalim dijelovima) i oblik režnjeva čaške (više ili manje duboko razdvojeni i nejednaki režnjevi kod C. sect. Heterocalyx naspram plitko odvojenih i jednakih režnjeva kod C. sect.Cistanche), ne odražavaju dublje rascjepe i, barem u slučaju oblika režnjeva čaške, čini se da su evoluirali najmanje dva puta neovisno.

Nekoliko trenutno priznatih vrsta nije podržano kao monofiletsko (Sl. 1), što nije ograničeno na svojte za koje se zna da su taksonomski teške, poput C. lutea ili C. tubulosa, već i na svojte koje se smatraju taksonomski neproblematičnim, poput C. ridgewayana sl iliCistanchefissa sl (ovdje predstavljen s C. aff. fissa 1 i 2). Razlika između taksonomskih i filogenetskih jedinica može biti posljedica nekoliko čimbenika koji se međusobno ne isključuju, uključujući pogrešnu identifikaciju vrsta, nedostatak taksonomskog prepoznavanja morfološki i/ili geografski diferenciranih entiteta, hibridizaciju i plitku divergenciju (brzo zračenje). Pogrešna identifikacija vrste vjerojatno je uzrok položaja dvaju primjeraka C. tubulosa (GB1 i GB2) ugniježđenih u C. laxiflora (Slika 1). Vaučeri ovih pristupa bili su nam nedostupni za reviziju, ali, prema web slikama, biljke iz susjednih područja u središnjim pustinjama Kine morfološki se slažu s C. laxiflora subsp. laxiflora (bijele cjevčice vjenčića sa svijetloljubičastim režnjevima umjesto blijedo žutih do duboko žutih kod C. tubulosa). Ova vrsta nije zabilježena u Kini, gdje su biljke koje pripadaju ovom taksonu navedene pod C. tubulosa (Zhang, 1990.) ili, u novije vrijeme, pod C. mongolica (Zhang i Tzvelev, 1998.). Čini se da se nedostatak taksonomskog prepoznavanja morfološki i/ili zemljopisno diferenciranih linija odnosi i na parafiletske vrste, poput C. ridgewayana sl i C. aff. fissa, kao i monofiletskim vrstama s jakom filogenetskom strukturom, poput C. Flava. U svakom od ovih slučajeva, filogenetski ograničene skupine razlikuju se morfološki i zemljopisno te stoga zaslužuju taksonomsko priznanje (detaljna taksonomska obrada bit će dana u sljedećoj publikaciji). I pogrešna identifikacija vrsta i nedovoljna taksonomska razlučivost uobičajeni su problemi kod holoparazitskih Orobanchaceae, posebno kod Orobanche i srodnih rodova (Manen i sur., 2004; Schneeweiss i sur., 2004a; Schneeweiss i sur., 2009; Schneeweiss, 2013).

Hibridizacija je uobičajena pojava u cvjetnicama (Rieseberg i Carney, 1998; Payseur i Rieseberg, 2016), a također je prijavljena zaCistanche. Konkretno, Beck-Mannagetta (1930.) opisao je hibride između C. lutea (kao C. tinctoria f. lutea) i C. violacea kao notospecies, C. hybrid. Ovi hibridi mogu biti morfološki srednji, kao što je slučaj s pristupom ED686, ili mogu nalikovati jednom od roditelja, kao što je slučaj s pristupom ED1012; ovaj potonji dodatak izvorno je determiniran kao C. violacea, ali se ponovnim ispitivanjem, izazvanim njegovim filogenetskim položajem unutar C. lutea sl, također pokazalo da je hibrid. Pretpostavljajući majčino nasljeđe plastidnog genoma (kao što je prikazano za Orobanchaceae Rhinanthus angustifolius: Vrancken i Wesselingh, 2010.) uCistanche, prisutnost majčinskog ITS ribotipa u hibridnom pristupu ED686 (nije dostupan za pristup ED1012) bila bi u skladu s formiranjem kasnijih generacija hibrida i/ili povratnih križanja, što je rezultiralo hvatanjem plastida. Hvatanje plastida također bi moglo objasniti razlike između nuklearnih i plastidnih markera. Na primjer, C. aff. tubulosa s Arapskog poluotoka, koja se morfološki razlikuje u nekoliko karakteristika od široko rasprostranjene C. tubulosa, formirala je kladus blizak C. senegalensis u skupu podataka ITS-a, ali je odvojen u dva različita kladusa u plastidu i kombiniranom skupu podataka grupiranom s C. senegalensis (klad H) ili primjese C. tubulosa subsp. tubulosa (klad I; i C. senegalensis i C. tubulosa subsp. tubulosa također se pojavljuju na Arapskom poluotoku).

Alternativa introgresiji za objašnjenje nepodudarnosti između filogenetskih položaja izvedenih iz podataka jezgre naspram plastida je nepotpuno sortiranje loze, koje će različito utjecati na nuklearne i plastidne genome zbog razlika u njihovoj efektivnoj veličini populacije (u plastidnim genomima samo upola manjim nego u nuklearnim genomima u jednodomna skupina kao nprCistanche). Očekuje se da će nepotpuno sortiranje loza biti osobito relevantno u slučaju plitke divergencije i brzog zračenja (Maddison i Knowles, 2006.), što je očito slučaj u Široko rasprostranjenom klasu, gdje je klas koji sadrži klade G do J karakteriziran kratkim duljinama grana (Sl. 1). Nepotpuno sortiranje loza može biti odgovorno za nedostatak molekularne diferencijacije i/ili koherencije morfološki diferenciranih loza unutar C. lutea sl (tj. C. aff. lutea 1 i C. aff. lutea 2). Razdvajanje nepotpunog sortiranja loze od introgresije zahtijevat će metode koje se temelje na koalescentu (Blanco-Pastor et al., 2012.) koje bi idealno uključivale nuklearne filogenomske podatke (Bravo et al., 2019.), koji u nedostatku čvrstog taksonomskog okvira i dovoljno opsežnih podataka nisu moguće još.

Specijalizacija domaćina važna je evolucijska sila kod holoparazitskih Orobanchaceae (Schneider et al., 2016.).Cistanche, međutim, čini se iznimkom, budući da su mnoge vrste pronađene u članovima nekoliko biljnih obitelji, najčešće Amaranthaceae (uključujući Chenopodiaceae) i Polygonaceae, ali također i Fabaceae, Zygophyllaceae, Tamaricaceae, Rosaceae, Nitrariaceae i Salvadoraceae. Kao u Orobancheu (Manen et al., 2004.), isti domaćin može dijeliti nekoliko nepovezanihCistanchevrste (npr. Haloxylon ammodendron je domaćin za C. deserticola iz Klade jugozapadne Azije i za C. phelypaea iz Klade Široko rasprostranjene). Slučajevi pretpostavljene specijalizacije domaćina (npr. C. senegalensis uglavnom na Acacia/Fabaceae; uglavnom Fabaceae kao domaćini za C. Flava subsp. nov. nasuprot uglavnom Calligonum bungei/Polygonaceae za C. Flava subsp. Flava) mogu odražavati obilje prikladnih domaćina vrste, a ne prave specijalizacije domaćina. Ispitivanje bilo koje uloge specijalizacije domaćina za diverzifikaciju Cistanche zahtijevat će dobro razriješenu filogeniju vrste i dovoljno detaljne podatke o domaćinu.5. Zaključci

Ovo je prva sveobuhvatna molekularna filogenetska analiza roda holoparazitskih biljakaCistanche, široko rasprostranjen u sušnim regijama Starog svijeta. Četiri glavne klade unutarCistancheUtvrđeno je da samo djelomično odgovaraju tradicionalno priznatim dijelovima (Beck Mannagetta, 1930.) i općenito pokazuju jaku geografsku komponentu. Dok jugozapadnoazijski klad pokazuje snažnu filogenetsku strukturu između i djelomično unutar vrsta (istočnoazijski i sjeverozapadnoafrički klad su monospecifični), filogenetska rezolucija unutar široko rasprostranjenog klada često je niska i ometena razlikama između nuklearnih i plastidnih markera, koji barem djelomično je zbog hibridizacije/introgresije i/ili nepotpunog sortiranja loze. Molekularni filogenetski dokazi i rezultati morfološke reevaluacijeCistanchevrste ukazuju na raznolikost vrsta uCistancheje trenutno podcijenjen (vidi taksone označene kao sp. nov. ili subsp. nov. u tekstu). Iako neke vrste još uvijek moraju biti uključene u bilo koju molekularnu filogenetsku studiju (npr. C. mauritanica) i bit će potrebni dodatni markeri da se razriješe svi odnosi vrsta, čvrste filogenetske hipoteze koje su ovdje predstavljene pružaju vrijednu osnovu za tekuću citogenetičku, taksonomsku i biogeografsku istraživanja u ovom rodu.

cistanche bienfaits

Financiranje

Ovaj je rad djelomično podržao SYNTHESYS financiran od strane Akcije istraživačke infrastrukture Europske zajednice u sklopu FP7 programa "Kapaciteti" u Real Jardín Botánico (ES-TAF-1663). Željeli bismo zahvaliti Sveučilištu u Bonnu, OeAD (Österreichische Austauschdienst) i DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) na financijskoj potpori.

Izjava o autorskom doprinosu CrediT-a

Najibeh Ataei: Konceptualizacija, priprema podataka, formalna analiza, prikupljanje sredstava, istraživanje, administracija projekta, vizualizacija, pisanje - izvorni nacrt, pisanje - pregled i uređivanje. Gerald M. Schneeweiss: konceptualizacija, nadzor, pisanje - pregled i uređivanje. Miguel Angel García: Resursi. Michael Krug: Formalna analiza. Marcus Lehnert: Pisanje - izvorni nacrt. JafarValizadeh: Resursi. Dietmar Quandt: Konceptualizacija, Formalna analiza, Administracija projekta, Resursi, Nadzor, Pisanje - pregled i uređivanje

Priznanja

Hvala Edit Korpinos, koja je pružila pomoć u laboratoriju Jodrell u Kewu i kustosima herbarija (TARI, BM, IRAN, BONN, USB, P, TUH, E, W, KAS, MSB, K, B, G, PEY , M, UG, BR, GUH, MA, WU) za slanje posudbi i fotografija. Zahvaljujemo Susann Wicke na dizajnu primera i laboratorijskoj podršci. Zahvaljujemo dr. Hosseinu Akhaniju sa Sveučilišta u Teheranu i gđi Robabeh Shahi Shavvon sa Sveučilišta Gilan na pružanju DNK materijala iz Irana. Zahvalni smo dr. FedericoLuebertu i Juliani Chacon s Instituta Nees na njihovim korisnim komentarima.

Reference:

Álvarez, I., Wendel, JF, 2003. Ribosomske ITS sekvence i filogenetski zaključak biljaka. Mol. Phylogenet. Evol. 29, 417–434. https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00208-2.
Bailey, CD, Carr, TG, Harris, SA, Hughes, CE, 2003. Karakterizacija polimorfizma nrDNA angiosperma, paralogije i pseudogena. Mol. Phylogenet. Evol. 29, 435–455.
Baldwin, BG, Sanderson, MJ, Porter, JM, Wojciechowski, MF, Campbell, CS, Donoghue, MJ, 1995. ITS regija nuklearne ribosomalne DNA: vrijedan izvor dokaza o filogeniji angiospermi. Ann. Missouri Bot. Gard. 82, 247–277.
Beck-Mannagetta, G., 1930. Orobanchaceae, u: Engler, A. (ur.), Das Pflanzenreich IV. 261. Wilhelm Engelmann, Leipzig, str. 1–348.
Bennett, JR, Mathews, S., 2006. Filogenija porodice parazitskih biljaka Orobanchaceae izvedena iz fitokroma A. Am. J. Bot. 93, 1039–1051.
Blanco-Pastor, JL, Vargas, P., Pfeil, BE, 2012. Koalescentne simulacije otkrivaju hibridizaciju i nepotpuno sortiranje loza u mediteranskoj linariji. PLoS ONE 7 (6), e39089.
Borsch, T., Quandt, D., 2009. Mutacijska dinamika i filogenetska korisnost nekodirajuće DNA kloroplasta. Plant Syst. Evol. 282, 169–199.

Bravo, GA, Antonelli, A., Bacon, CD, Bartoszek, K., Blom, MPK, Huynh, S., Jones, G., Knowles, LL, Lamichhaney, S., Marcussen, T., Morlon, H. , Nakhleh, LK, Oxelman,

B., Pfeil, B., Schliep, A., Wahlberg, N., Werneck, FP, Wiedenhoeft, J., WillowsMunro, S., Edwards, SV, 2019. Prihvaćanje heterogenosti: spajanje Drveta života i budućnosti filogenomija. PeerJ 7, e6399.

Doyle, JJ, Doyle, J., 1987. Brzi postupak izolacije DNA za male količine svježeg lisnog tkiva. Phytochem. Bik. 19, 11–15.
N. Ataei, et al. Molekularna filogenetika i evolucija 151 (2020.) 106898 8
Felsenstein, J., 1981. Evolucijska stabla iz sekvenci DNK: pristup maksimalne vjerojatnosti. J. Mol. Evol. 17, 368–376.
Felsenstein, J., 1985. Granice povjerenja u filogeniji: pristup koji koristi bootstrap. Evolucija 39, 783–791.
Fu, W., Liu, X., Zhang, N., Song, Z., Zhang, W., Yang, J., Wang, Y., 2017. Testiranje hipoteze o višestrukom podrijetlu holoparazita u Orobanchaceae: filogenetski dokazi iz zadnja dva nesmještena holoparazitska roda, Gleadovia i
Phacellanthus. Ispred. Plant Sci. 8, 1380.
Han, J.-P., Song, J.-Y., Liu, C., Chen, J., Qian, J., Zhu, Y.-J., Shi, L.-C., Yao, H ., Chen, S.-L., 2010. IdentifikacijaCistanchevrsta (Orobanchaceae) na temelju sekvenci intergenske regije plastida psbA-trnH. Acta Pharmaceut. Grijeh. 45, 126–130.
Huelsenbeck, JP, Ronquist, F., 2001. MRBAYES: Bayesov zaključak o filogenetskim stablima. Bioinformatika 17, 754–755.
Kress, WJ, Wurdack, KJ, Zimmer, EA, Weigt, LA, Janzen, DH, 2005. Upotreba DNK barkodova za identifikaciju cvjetnica. Proc. Natl. Akad. Sci. USA 102, 8369–8374.

Li, X., Feng, T., Randle, C., Schneeweiss, GM, 2019. Filogenetski odnosi u Orobanchaceae izvedeni iz nuklearnih gena niske kopije: konsolidacija glavnih kladusa i identifikacija novog položaja nefotosintetske kladuse Orobanche sestra svim drugim parazitskim Orobanchaceae. Ispred. Plant Sci. 10, 902.

Li, X., Jang, T.-S., Temsch, EM, Kato, H., Takayama, K., Schneeweiss, GM, 2017. Molekularni i kariološki podaci potvrđuju da je zagonetni rod Platypholis s otoka Bonin (JI Japan) ) je filogenetski ugniježđen unutar Orobanche
(Orobanchaceae). J. Plant. Res. 130, 273–280.
Li, X., Zhang, T.-C., Qiao, Q., Ren, Z., Zhao, J., Yonezawa, T., Hasegawa, M., Crabbe, MJC, Li, J., Zhong, Y ., 2013. Kompletna sekvenca genoma kloroplasta holoparazitaCistanchedeserticola (Orobanchaceae) otkriva gubitak gena i horizontalni gen
prijenos sa svog domaćina Haloxylon ammodendron (Chenopodiaceae). PLoS ONE 8, e58747.
Liu, X., Fu, W., Tang, Y., Zhang, W., Song, Z., Li, L., Yang, J., Ma, H., Yang, J., Zhou, C.,
Davis, CC, Wang, Y., 2020. Različite putanje degradacije plastoma u holoparazitimaCistanchei genomska lokacija izgubljenih plastidnih gena. J. Exp. Bot. 71, 877–892.
Maddison, W., Knowles, LL, 2006. Zaključak o filogeniji unatoč nepotpunom sortiranju loze. Syst. Biol. 55, 21–30.
Manen, J.-F., Habashi, C., Jeanmonod, D., Park, J.-M., Schneeweiss, GM, 2004. Filogenija i intraspecifična varijabilnost holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) izvedena iz plastidnih sekvenci rbcL. Mol. Phylogenet. Evol. 33, 482–500.
McNeal, JR, Bennett, JR, Wolfe, AD, Mathews, S., 2013. Filogenija i podrijetlo holoparazita u Orobanchaceae. Am. J. Bot. 100, 971–983.
Müller, J., Müller, KF, Neinhuis, C., Quandt, D., 2006. PhyDE – Urednik filogenetskih podataka. http://www.phyde.de (pristupljeno 2. travnja 2019.).
Müller, K., 2004. PRAP-proračun Bremerove podrške za velike skupove podataka. Mol. Phylogenet. Evol. 31, 780–782.
Müller, K., 2005. SeqState: dizajn početnica i statistika sekvenci za skupove podataka filogenetske DNK. Appl. Bioinform. 4, 65–69.
Nixon, KC, 1999. Ratchet parsimony nova je metoda za brzu analizu škrtosti. Kladistika 15, 407–414.
Olsson, S., Buchbender, V., Enroth, J., Hedenäs, L., Huttunen, S., Quandt, D., 2009. Filogenetske analize otkrivaju visoke razine polifilije među pleurokarpnim lozama kao i novim kladusima. Bryologist 112, 447–466.
Park, J.-M., Manen, J.-F., Colwell, AE, Schneeweiss, GM, 2008. Filogenija plastidnog gena nefotosintetskog parazita Orobanche (Orobanchaceae) i srodnih rodova. J. Plant Res. 121, 365–376.
Payseur, BA, Rieseberg, LH, 2016. Genomska perspektiva hibridizacije i specijacije. Mol. Ecol. 25, 2337–2360.
Quandt, D., Müller, K., Huttunen, S., 2003. Karakterizacija psbTH regije kloroplastne DNA i utjecaj dijadnih simetričnih elemenata na filogenetske rekonstrukcije. Plant Biol. 5, 400–410. https://doi.org/10.1055/s-2003-42715.
Rambaut, A., Drummond, AJ, Xie, D., Baele, G., Suchard, MA, 2018. Posteriorno sažimanje u Bayesovoj filogenetici pomoću Tracera 1.7. Syst. Biol. 67, 901–904.

Rieseberg, LH, Carney, SE, 1998. Hibridizacija biljaka. Novi Phytol. 140, 599–624.

Rodrigues, AG, Colwell, AEL, Stefanović, S., 2011. Molekularna sistematika parazitskog roda Conopholis (Orobanchaceae) izvedena iz sekvenci plastida i jezgre. Am. J. Bot. 98, 896–908.
Ronquist, F., Huelsenbeck, JP, 2003. MrBayes 3: Bayesov filogenetski zaključak prema mješovitim modelima. Bioinformatika 19, 1572–1574.
Schneeweiss, GM, 2013. Filogenetski odnosi i evolucijski trendovi u Orobanchaceae, u Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (ur.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, str. 243–265.
Schneeweiss, GM, Colwell, A., Park, J.-M., Jang, C.-G., Stuessy, TF, 2004a. Filogenija holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) izvedena iz nuklearnih ITS sekvenci. Mol. Phylogenet. Evol. 30, 465–478.
Schneeweiss, GM, Frajman, B., Dakskobler, I., 2009. Orobanche lycoctoni Rhiner (Orobanchaceae), slabo poznata vrsta srednjoeuropske flore. Candollea 64, 91–99.
Schneeweiss, GM, Palomeque, T., Colwell, AE, Weiss-Schneeweiss, H., 2004b. Broj kromosoma i evolucija kariotipa u holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) i srodnih rodova. Am. J. Bot. 91, 439–448.
Schneider, AC, Colwell, AEL, Schneeweiss, GM, Baldwin, BG, 2016. Kriptična različitost specifična za domaćina među brnistarima zapadne hemisfere (Orobanche sl, Orobanchaceae). Ann. Bot. 118, 1101–1111.
Simmons, MP, Ochoterena, H., 2000. Praznine kao znakovi u filogenetskim analizama temeljenim na sekvencama. Syst. Biol. 49, 369–381.
Stamatakis, A., 2014. RAxML Verzija 8: Alat za filogenetsku analizu i naknadnu analizu velikih filogenija. Bioinformatika 30, 1312–1313.
Stöver, BC, Müller, KF, 2010. TreeGraph 2: kombiniranje i vizualizacija dokaza iz različitih filogenetskih analiza. BMC Bioinf. 11, 7.
Sun, ZY, Song, JY, Yao, H., Han, JP, 2012. Molekularna identifikacijaCistanchesHerba i njeni štetnici na temelju nrITS2 sekvence. J. Med. Plant Res. 6, 1041–1045.

Swofford, DL, 1999. PAUP*4.0 Beta za Macintosh: Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Sinauer Associates, Sunderland, MA.

Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G., Bouvet, J., 1991. Univerzalni primeri za amplifikaciju triju nekodirajućih regija kloroplastne DNA. Biljka Mol. Biol. 17, 1105–1109. Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Coskun, M., Tu, P.,

Mizukami, H., 2003. Farmakognostičke studije Cistanchis Herba (IV) filogenetske vezeCistanchebiljke temeljene na plastidnom rps2 genu i rpl16-rpl14 sekvenci intergenske razmaknice. Natur. Med. 57, 233–237.
Tomari, N., Ishizuka, Y., Moriya, A., Kojima, S., Deyama, T., Mizukami, H., Tu, P., 2002. Farmakognostička istraživanja filogenetskog odnosa Cistanchis Herba (III)Cistanchebiljke temeljene na plastidnom rps2 genu i rpl16-rpl14 međugenim razmaknicama. Biol. Pharm. Bik. 25, 218–222.
Vrancken, J., Wesselingh, RA, 2010. Nasljeđivanje genoma kloroplasta u Rhinanthus angustifolius (Orobanchaceae). Plant Ecol. Evol. 143, 239–242.
Wang, X.-Y., Xu, R., Chen, J., Song, J.-Y., Newmaster, SG, Han, J.-P., Zhang, Z., Chen, S.-L. , 2018. Detekcija odCistanchesHerba (Rou Cong Rong) medicinski proizvodi koji koriste nukleotidne potpise specifične za vrstu. Ispred. Plant Sci. 9, 1643.

Weiss-Schneeweiss, H., Greilhuber, J., Schneeweiss, GM, 2006. Evolucija veličine genoma u holoparazitskih Orobanche (Orobanchaceae) i srodnih rodova. Am. J. Bot. 93, 148–156.

Westwood, JH, Yoder, JI, Timko, MP, dePamphilis, CW, 2010. Evolucija parazitizma u biljkama. Trends Plant Sci. 15, 227–235.

White, T., Bruns, T., Lee, S., Taylor, J., 1990. Amplifikacija i izravno sekvenciranje gljivičnih ribosomalnih RNA gena za filogenetiku. U: Innis, M., Gelfand, D., Shinsky, J., White, T. (ur.), PCR protokoli: Vodič za metode i primjene. Akademski

Press, London, str. 315–322.
Wicke, S., 2013. Genomska evolucija u Orobanchaceae. U: Joel, DM, Gressel, J., Musselman, LJ (ur.), Parasitic Orobanchaceae. Springer, Berlin Heidelberg, str. 267–286.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Wickett, NJ, Zhang, Y., Renner,
SS, Schneeweiss, GM, 2013. Mehanizmi funkcionalne i fizičke redukcije genoma u fotosintetskim i nefotosintetskim parazitskim biljkama iz obitelji brnistre. Biljna stanica 25, 3711–3725.
Wicke, S., Müller, KF, dePamphilis, CW, Quandt, D., Bellot, S., Schneeweiss, GM, 2016. Mehanički model evolucijske varijacije stope na putu do nefotosintetskog načina života u biljkama. Proc. Natl. Akad. Sci. USA 113, 9045–9050.

Wickett, NJ, Honaas, LA, Wafula, EK, Das, M., Huang, K., Wu, B., Landherr, L., Timko, MP, Yoder, J., Westwood, JH, dePamphilis, CW, 2011. Transkriptomi porodice parazitskih biljaka Orobanchaceae otkrivaju iznenađujuću očuvanost klorofila

sinteza. Curr. Biol. 21, 2098–2104.
Wolfe, AD, Randle, CP, Liu, L., Steiner, KE, 2005. Filogenija i biogeografija Orobanchaceae. Folia Geobot. 40, 115–134.
Worberg, A., Quandt, D., Barniske, A.-M., Löhne, C., Hilu, KW, Borsch, T., 2007. Filogenija bazalnih eudikota: Uvidi iz nekodirajuće DNK koja se brzo razvija. Orgulje. Ronioci. Evol. 7, 55–77.
Young, ND, Steiner, KE, dePamphilis, CW, 1999. Evolucija parazitizma u Scrophulariaceae/Orobanchaceae: sekvence plastidnog gena pobijaju niz evolucijskih prijelaza. Ann. Missouri Bot. Gard. 86, 876–893.
Zhang, ZY, 1990. Orobanchaceae, u: Wang, W. (ur.), Flora Reipublicae Popularis Sinica, sv. 69. Bejing, Science Press, str. 69–124.
Zhang, ZY, Tzvelev, NN, 1998. Orobanchaceae, u: Wu, ZY, Raven, PH (ur.), Flora Kine, sv. 18 (Scrophulariaceae do Gesneriaceae). Science Press, Peking, i Missouri Botanical Garden Press, St. Louis, MI, str. 229–243.
Zheng, S., Jiang, X., Wu, L., Wang, Z., Huang, L., 2014. Kemijska i genetska diskriminacijaCistanchesHerba na temelju UPLC-QTOF/MS i DNA barkodiranja. PLoS ONE 9 (5), e98061.