Dio 2: Varijante zajedničkog rizika Cistanche u NPHS1 i TNFSF15 povezane su s nefrotskim sindromom osjetljivim na steroide u djetinjstvu

Kontakt:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Cistanche može pomoći kod nefrotskog sindroma

RASPRAVA

Sadašnji japanski GWAS s dosad najvećom veličinom uzorka i replikacijom u više kontinentalnih populacija identificirao je uobičajene varijante u regijama NPHS1 i TNFSF15 kao nove čimbenike osjetljivosti za SSNS u djetinjstvu. Post-GWAS analiza lokusa kromosoma 19 identificirala je potencijalni transkripcijski mehanizam pomoću kojeg rizični haplotip NPHSI može doprinijeti bolesti. Naposljetku, veća veličina uzorka omogućila je dodatno fino mapiranje prethodno uključenih HLA lokusa.1 "Sveukupno, ova otkrića značajno proširuju i poboljšavaju naše razumijevanje genetske pozadine SSNS-a u djetinjstvu. Oni identificiraju nefrin, proupalni citokin, član nadobitelji čimbenika nekroze tumora 15(TNFSF15), i njihove povezane molekule kao nove mete za biološka istraživanja za bolje razumijevanje SSNS-a i potencijalno za terapeutski razvoj. Konačno, povezanost s uobičajenim varijantama u lokusu NPHSI daje još jedan primjer koji pokazuje da geni Mendelove bolesti bubrega mogu sadržavati varijante osjetljivosti na češća multifaktorijalna bolest (SSNS).

Rijetke mutacije u NPHS1 uzrokuju kongenitalnunefrotskisindromfinskog tipa, rijedak monogennefrotskisindromkoji je otporan na steroide i ima lošu bubrežnu prognozu. Iznenađujuće, ova je studija otkrila da su varijante u NPHS1 povezane s osjetljivošću na SSN.

Although NPHS1 has never been implicated in genome-wide scans for SSNS, a candidate association study between this gene's variants and SSNs in East Asian patients supports our current findings. In our present study, one of the significant SNPs in the NPHSI locus was the synonymous variant rs2285450(c.294 C>T) u egzonu 3. Prethodno, Sun et al. izvijestio je o višoj učestalosti sporednog alela rs2285450 u kineskim sporadičnimnefrotskisindrompacijenata iz Singapura nego u kontrolama (20 posto naspram 13 posto, P= 0.025) i pokazalo je da je alel rizika rezultirao smanjenom sposobnošću inhibicije TRPC6 struja u HEK293-M1 stanicama putem flastera stezaljka, što bi moglo objasniti osjetljivost na proteinuriju.27,28 Ova studija pruža neovisnu potporu za rs2285450 kao faktor rizika za SSNS i predlaže alternativni mehanizam za osjetljivost nanefrotski sindromzahtijeva daljnje ispitivanje.

cistancheje dobar zanefrotski sindrom

Korištenjem uparenih ljudskih genetskih i glomerularnih transkriptomskih podataka, nismo uočili razlike u ukupnoj ekspresiji NPHS1 kao funkciji ovog rizičnog haplotipa. Međutim, podaci RNA-seq omogućili su opažanje značajne ASE koja je rezultirala nižom ekspresijom NPHSI iz haplotipa koji sadrži rizične alele (dodatna slika S11). Brojne varijante rizika na ovom lokusu bile su sinonim za egzoničke promjene u NPHS1. Stoga smo se više usredotočili na NPHSI i nismo nastavili raspravu o ulozi KIRREL2 u potencijalnim mehanizmima bolesti. Budući bi rad trebao uključivati: (i) potvrđivanje ovog opažanja kod dodatnih pacijenata s podacima o genotipizaciji i ekspresiji bubrega; i (ii) stjecanje mehaničkog razumijevanja kako ovaj ASE NPHSI doprinosi ili uzrokuje povezanost sa SSN-ovima koje smo promatrali. Potencijalne hipoteze za disfunkciju uključuju: (i) povećano opterećenje stanice za proizvodnju potrebne količine nefrina iz referentnog kromosoma, što dovodi do staničnog stresa i povećane osjetljivosti na ozljede; i (i) potencijalno disfunkcionalni protein nefrin proizveden iz rizičnog haplotipa (npr. putem diferencijalnih posttranslacijskih modifikacija) što rezultira abnormalnom barijerom glomerularne filtracije.

Genetski polimorfizmi na lokusu 9q32 povezani su s nekoliko autoimunih i upalnih bolesti.23, 29-31 Najvjerojatniji gen koji uzrokuje bolest unutar 9q32 je TNFSF15, koji kodira TNFSF15. U ovoj studiji, značajna povezanost rs4979462 replicirana je neovisno i dodatno ojačana transetničkom meta-analizom. Prethodno su Hitomi et al.3 identificirali rs4979462 kao funkcionalnu varijantu in vitro funkcionalnom analizom pomoću testa luciferaze i testa pomaka elektroforetske mobilnosti. Analiza super-pomaka razjasnila je da je rizični alel(T) rs4979462 stvorio novo mjesto vezivanja NF-1.2 Osim toga, nekoliko je izvješća pokazalo da rizični alel rs4979432 utječe na razinu ekspresije TNFSF15 mRNA.{{ 19}}Potrebne su daljnje studije kako bi se potvrdila povezanost TNFSF15 sa SSNS-om u djece.

U ovoj studiji, varijante u lokusima NPHSI i TNFSF15 identificirane su i replicirane uglavnom u istočnoazijskim (japanskim i korejskim) i južnoazijskim populacijama, u kojima je zabilježena veća učestalost bolesti. Nasuprot tome, učestalosti rizičnih alela SNP-ova kandidata u NPHS1 bile su rijetke u ljudi europskog podrijetla (Tablica 1). Ovi nalazi mogu djelomično objasniti epidemiološku razliku među populacijama iz perspektive polimorfizama povezanih s bolešću. Ova razlika dodatno je ilustrirana nedostatkom značajnih signala u našem japanskom skupu podataka u regijama CALHM6/FAM26F i PARMl, koji su otkriveni u homogenoj kohorti europskog podrijetla.5

S dominantnim doprinosom gena HLA-DR/DQ, skupovi gena glavnog proteinskog kompleksa histokompatibilnosti klase II i aktivnosti receptora glavnog kompleksa histokompatibilnosti klase II bili su snažno povezani s bolešću. Urođeni imunološki odgovor također je identificiran kao značajan set gena s umjerenim učinkom. Urođeni imunološki sustav, uključujući aktivaciju profesionalnih stanica (stanice koje predstavljaju antigen i B stanice/Toll-like receptore), kao i adaptivni imunološki sustav, u kojem HLA molekule igraju ključnu ulogu, uključen je u proces bolesti i odgovor na liječenje.3,4

Oko 90 posto nasljednosti SSNS-a u djetinjstvu pridonijele su uobičajene varijante, iako su varijante s relativno rijetkim učestalostima alela (MAF: 0,5 posto -5 posto) također uzete u obzir. Međutim, veliki dio naslijeđa bolesti ostaje neobjašnjen. Druge varijante povezane s bolešću u regijama koje nisu HLA mogle bi se identificirati budućim studijama na razini genoma s većim veličinama uzorka, posebno za pacijente europskog i drugog neistočnoazijskog podrijetla, budući da su polimorfizmi povezani s bolešću u regijama koje nisu HLA još uvijek u velikoj mjeri nepoznato.

U ovoj studiji, veličine uzorka u kohortama replikacije s različitim precima ograničile su moć replikacije signala s manjim veličinama učinka. Stratifikacija populacije mogla bi postojati u fazi replikacije zbog nedostatka prilagodbe. Štoviše, učinci serije mogli su se pojaviti između slučajeva i kontrola kada su učestalosti alela iz javnih baza podataka korištene kao kontrole koje se podudaraju s populacijom.

Ukratko, otkrića ovdje pružaju nove SSNS lokuse. NPHS1 lokus, posebno, pruža provokativan novi koncept za patogenezu bolesti, povezujući i jačajući paradigmu u nastajanju u nefrologiji - u određenim genima koji sadrže Mendelove varijante, češći aleli mogu povećati osjetljivost na multifaktorijalne, poligene bolesti, kao što je prethodno pokazano za UMOD, COL4A3 i NPHS2.26, 35- Konačno, trenutni nalazi ponovno naglašavaju važnost provođenja genomskih istraživanja u različitim populacijama. Čineći to, otkrili smo specifične SNP-ove koji će vjerojatno imati veći utjecaj na populacije istočne i južne Azije, dok smo identificirali gene i lokuse koji mogu biti važni u svim populacijama, na koje bismo bili statistički slijepi ako bismo koristili europsku kohortu otkrića.

Cistanche može pomoći kod nefrotskog sindroma

METODE

Za dodatne pojedinosti pogledajte Dopunske metode.

Uzorci

U fazi otkrivanja, 1018 japanskih pacijenata kojima je dijagnosticiran SSNS u djetinjstvu (dob početka<18 years)="" were="" recruited.="" patients="" with="" a="" history="" of="" steroid="" resistance="" during="" follow-up="" were="" excluded.="" overall,="" 3331="" japanese="" healthy="" adults="" were="" recruited="" as="" controls.="" all="" participants="" provided="" written="" informed="">

Genotipizacija i imputacija cijelog genoma u fazi otkrivanja

U fazi otkrivanja genotipizirano je 1018 slučajeva i 3331 kontrola korištenjem niza Affymetrix Japonica. Devetnaest uzoraka isključeno je zbog niske stope poziva (<97%) during="" the="" genotype="" calling="" process.="" nine="" controls="" with="" ambiguous="" sex="" were="" excluded.="" then,="" whole-genome="" imputation="" was="" performed="" with="" impute4-(version="" 2.3.1)using="" a="" phased="" reference="" panel="" of="" 2036="" healthy="" japanese="" individuals.="" after="" whole-genome="" imputation,="" there="" were="" 22,049,786="" autosomal="" single-nucleotide="" variants="" and="" short="" insertions="" and="" deletions="" with="">