Studija kontrole slučaja infekcije Clostridium Innocuum, Tajvan

Clostridium innocuum otporan na vankomicinnedavno je identificiran kao etiološki uzročnik zaproljev povezan s antibioticimakod ljudi. Proveli smo ispitivanje slučaja kontrole koje je uključivalo 152 pacijenta zaražena inokulumom C. od 2014. do 2019. u Tajvanu, koristeći 304 slučaja infekcije Clostridioides diffi - cile (CDI) usklađenih prema dijagnozi, godini, dobi ({{7 }} godina) i spol kao kontrola. Osnovne karakteristike bile su slične između 2 skupine. Pacijenti zaraženi C. inoculumom doživjeli su više ekstraintestinalnih klostridijskih infekcija i komplikacija povezanih s gastrointestinalnim traktom nego pacijenti s CDI. 30--dnevna stopa smrtnosti među pacijentima zaraženim C. innocuum bila je 14,5%, a ukupna stopa bila je 23,0%.Kronična bolest bubrega, čvrsti tumor, prijem u jedinicu intenzivne njege i status šoka bili su 4 neovisna faktora rizika za smrt. C. inokulum identificiran iz kliničkih uzoraka treba prepoznati kao patogen koji zahtijeva liječenje, a zbog njegove intrinzične rezistencije na van-vankomicin, precizna identifikacija je neophodna za usmjeravanje odgovarajuće i pravovremene antimikrobne terapije

BILJAKA KOJU ĆETE POZNATIZA BOLESTI BUBREGA

Vrsta Clostridium are obligate anaerobic, endo-spore-forming bacilli that usually colonize the gastrointestinal tracts of humans. Of the >200 species of Clostridium, >30 su potencijalni patogeni kod ljudi, kao što su C. perfringens i Clostridioides diffi - cile. Međutim, C. innocuum je rijetko opisivan kao povezan s ljudskim bolestima. C. inokulum je prvi put identificiran 1960-ih među 8 pacijenata u Sjedinjenim Državama; naziv, invacuum, opisao je nedostatak virulencije (1,2). Bilo je teško razlikovati C. inokulum od ostalih

Clostridium vrste (osobito C. ramosum i C. clostridia forme, zajedno nazvane RIC skupina) zbog svojih sličnih fenotipova atipične bliskotrivijalne kolonijalne morfologije, rijetkih značajki stvaranja spora i obrasca masnih kiselina (3-5). Identificiranje C. inokuluma postalo je brže i točnije nakon uvođenja molekularnih tehnika kao što je sekvenciranje 16S RNA i masena spektrometrija laserske desorpcije/ionizacije povezane s matricom (MALDI-TOF) (6).

Godine 1995. Cutrona i sur. izvijestio je o prvom slučaju endokarditisa uzrokovanog C. innocuum (7). Iako se prije smatralo da je bakterija manje patogena i da je rijetko izazivala infekcije, od 2000-ih pojavilo se sve više kliničkih dokaza koji sugeriraju da bi C. inokulum mogao biti potencijalni uzrok proljeva povezanog s antibioticima i ekstraintestinalne nalne klostridijske infekcije (EICI), kao što je bakterijemija , intraabdominalna infekcija i endokarditis (8-10). Međutim, nije nam poznata studija o infekciji bakterijom C. innocuum s dovoljno velikom skupinom pacijenata da bismo opisali njezine kliničke karakteristike.

Precizna dijagnoza C. inoculuma je neophodna zbog njegove jedinstvene intrinzične otpornosti na vankomicin, vjerojatno uzrokovane prisutnošću 2 kromosomska gena koji omogućuju sintezu peptid-glikanskog prekursora koji završava u serinu s niskim afinitetom prema vankomicinu (9,11). Iako je vankomicin jedan od preporučenih antimikrobnih lijekova za liječenje infekcija uzrokovanih vrstama Clostridium, posebice C. diffi cile, intrinzična rezistencija na vankomicin u C. inoculumu predstavlja rizik za neprikladno liječenje za pacijente koji dobiju infekciju C. inoculum (12). C. diffi cile jedna je od najreprezentativnijih bliskih tridijalnih vrsta koje uzrokuju bolesti ljudi i dobro je istražena. U Sjedinjenim Američkim Državama godišnje je identificirano ≈500,{6}} infekcija, a 15,000–30,000 smrtnih slučajeva povezano je s infekcijom C. difficile (CDI) (12-14)

U prijašnjim studijama, pokazali smo C. innocum kao potencijalnog invazivnog patogena koji uzrokuje teški kolitis i EICI u maloj seriji slučajeva i dokazali njegovu staničnu toksičnost in vitro (8,9). Ovdje smo proveli retrospektivnu studiju slučaj-kontrola kako bismo opisali i procijenili kliničke karakteristike i ishode infekcija uzrokovanih C. inoculum. U tu svrhu odabrali smo bolesnike s CDI kao kontrolnu skupinu. Odbori za reviziju instituta u bolnici Chang Gung Memo Rial (CGMH; Taoyuan, Tajvan) odobrili su studiju, dopuštajući pregled medicinskih podataka pacijenata (IRB#201900906B0). Dopušteno je odricanje od privole s obzirom na retrospektivnu prirodu projekta i anonimnu analizu kliničkih informacija pacijenata.

Metode

Dizajn studije, klinička situacija i upis slučaja

We conducted a retrospective case-control study at CGMH during 2014–2019. CGMH is a tertiary medical center accommodating 3,700 patient beds. We selected C. difficile as the control to better illustrate the clinical features of C. innocuum infection. The case and control groups were assigned in a 1:2 ratio and matched in the diagnosed year, age +2 years, and sex. We identified cases with C. innocuum and C. difficile infections using the rapid ID 32A system (bioMérieux, https://www.biomerieux.com) and MALDI-TOF mass spectrometry Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, https://www.bruker.com) (15– 17). MALDI-TOF mass spectrometry was introduced in 2009 in the clinical microbiology laboratory of CGMH, but C. innocuum was not reported routinely because it was considered a clinically insignificant microorganism. To trace the cases infected with C. inoculum, we reviewed the original reporting database from the MALDI-TOF mass spectrometry system directly and identified the samples reporting C. inoculum. Our definition of a microbiologically confirmed C. inoculum infection was that the original report from the MALDI-TOF mass spectrometry database revealed C. inoculum in the strongest 2 signals and had signal scores >2.00. Infekcije C. difficile definirali smo na isti način. Pregledali smo osnovne informacije o svakom pacijentu i uključili sve pacijente s infekcijom C. inokulumom u studiju. Definirali smo infekciju C. difficile kao pozitivnu analizu toksina temeljenu na PCR-u s prisutnošću kliničkih simptoma kompatibilnih s infekcijom ili pozitivnu kulturu C. difficile s kompatibilnim kliničkim simptomima (npr. dokumentirani proljev ili radiološke karakteristike toksičnog megakolona). Iz studije smo isključili slučajeve s istodobnim C. inoculumom i C. difficile izoliranima iz istog kliničkog uzorka. Za usklađivanje slučaja i kontrole, 3 autora (Y.-C. Chen, Y.-C. Kuo i M.-C. Chen) pregledali su osnovne informacije o svim slučajevima infekcije C. innocuum i C. difficile. Nasumično smo odabrali 2 kontrole za svaki slučaj, usklađene prema dijagnostičkoj godini, dobi (+2 godina) i spolu indeksnog slučaja. Ako nijedna kontrola nije bila prihvatljiva iz ove 3 podudarne varijable, tada smo izbacili kriterij spola, nakon čega je slijedio kriterij dobi ako je potrebno. Nakon postupka uparivanja, dodatno smo pregledali kliničke podatke tih pacijenata.

Izvori kliničkih podataka, varijable i definicija

We collected demographic data, clinical manifestations, laboratory testing results, images, and mimicrobiology reports through an electronic medical record system (EMR). Demographic data were age, sex, race, underlying systemic diseases, and acquisition modality (community vs. hospital). We defined hospital-acquired infection as the symptoms that occurred>48 sati nakon prijema, odn<4 weeks after discharge from a healthcare facility; otherwise, it was classified as a community-acquired infection (18). We calculated the Charlson Comorbidity Index score for each patient to represent the baseline physiologic condition affected by an underlying disease. The index is composed of 19 underlying conditions in 4 categories. Each category had a weighted score based on the risk for 1- and 10-year mortality rate (19). We recorded clinical symptoms such as diarrhea, fever, bloody stool, abdominal pain, vomiting, and abdominal distension. We also reviewed disease-related complications, including toxic megacolon, ileus, bowel perforation, and shock. Recurrent infection was defined if the patient had a repeated microbiological culture from the same specimen source within 8 weeks of initial documented symptoms resolution (20,21). Outcome assessment includeed 30-day, 90-day, and overall deaths after the infection. We reviewed previous antibiotic exposures according to each class: penicillins, cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, macrolides, tetracyclines, glycopeptides, oxazolines, polymyxins, lincosamides, and metronidazole. We defined antibiotic exposure rates as the percentage of patients who received any drugs <30 days before C. inoculum or C. difficile infection and duration of antibiotic exposure as the total days of any antimicrobial drug use in a patient <30 days before the event of C. inoculum or C. difficile infection.

Izolacija i identifikacija bakterija

Proveli smo kulture anaerobnih bakterija u kliničkom mikrobiološkom laboratoriju, kao što je prethodno opisano (9). Nanijeli smo sve anaerobne uzorke na selektivnu agar ploču, uključujući CDC-ANA BAP (anaerobna krvna agar ploča), CDC-ANA-PEA (anaerobna feniletil alkohol krvna agar ploča) i BBE/KVLB (Bacteroides žučni esculin i lakirani kanamicin) dvoploča. Inkubirali smo agar ploče u aerobnim uvjetima (90% N2 /10% CO2) na 37 stupnjeva 5 dana. Detaljno smo pregledali rastuće kolonije na ploči i analizirali 1 reprezentativnu koloniju za svaku agar ploču pomoću brzog ID 32A sustava (bioMérieux) za identifikaciju mikroorganizama.

Tablica 1. Osnovne karakteristike i kliničke dijagnoze u 2 skupine pacijenata od infektivne vrste Clostridium u studiji slučaja kontrole infekcije C. inoculum, Tajvan*

Testiranje antimikrobne osjetljivosti

Testirali smo antimikrobnu osjetljivost na klindamicin, metronidazol, penicilin, piperacilin i ampicilin/sulbaktam metodom razrjeđenja granične točke agara prema kriterijima Instituta za kliničke i laboratorijske standarde (dokument M11-A8) za aerobne bakterije (22) . Za određivanje osjetljivosti upotrijebili smo interpretativne kriterije u dokumentu M100S (22).

Statistička analiza

Proveli smo statističku analizu pomoću SPSS Statistics 24.0 (SPSS Inc., https://www.ibm.com/products/ spss-statistics). Za kontinuirane varijable značajnost smo odredili korištenjem nezavisnog t-testa ili Mann-Whitneyevog U testa prema potrebi. Ako je kontinuirana varijabla imala odstupanja i nije odgovarala normalnoj distribuciji, varijable su prikazane kao medijan (interkvartilni raspon, raspon). Analizirali smo kategoričke varijable χ2 testom i uzeli u obzir str<0.05 statistically significant. We obtained odds ratios (ORs) from cross-tabulation and analyzed the p-value of ORs by univariate logistic regression. We estimated the mortality rate at 30 days and 90 days after the positive culture and analyzed it by Kaplan-Meier survival analysis using methods described previously (23). In addition, we examined risk factors associated with 30- and 90-day mortality in both groups by logistic regression.